一、发菌后期菌丝生长缓慢，迟迟不满袋
原因：①袋内透气性差，缺氧，多见于培养料含水量过大，料碎袋实或袋两头扎口太紧。②温度偏低，菌丝生长慢或停止生长。
对策：①配料时调节料水比为1:（1.3—1.4）。碎料与颗粒料混配，装袋不要过实。菌丝长入料面3—5厘米时，将袋两头扎绳解开，松动袋口，透入空气，或采用针刺孔通气补氧。②保持适温培养，培养室内温度一般不应低于18℃，以22—24℃为宜。
二、菌丝未满袋就出菇
原因：秋季栽培偏晚，菌丝培养温度过低（低温刺激出菇）。
对策：根据各地月平均温度适时栽培，确系低温栽培的，要加温培菌，发菌温度维持在18℃以上。
三、料面出现大量气生菌丝（白色棉状物）
原因：①搔菇后，出菇室温度高于13℃，影响菇蕾形成。②出菇室通风不足，CO2浓度较高。
对策：①进入出菇管理期后，温度控制在10—12℃，可快速诱导出菇。②出菇室保持空气相对湿度在90%左右，每天定时通风，防止气生菌丝生长过旺形成菌膜。
四、不显蕾
原因：①培养料含水量偏低，料面干燥。②出菇室温度偏高，空气干燥。③通风不足，CO2含量过大，光照弱。
对策：①培养料干燥的可向料面喷18—20℃温水，量不宜过大，以喷后不见水滴为宜。②通风降温，喷水增湿，使温度维持在10℃左右，空气相对湿度提高到85—90%。③加强通风，增加散射光照，诱导形成菇蕾。
五、菇蕾发生不整齐
原因：①未搔菌，老菌种块上先形成菇蕾。②袋筒撑开过早，引起料面水分散发。
对策：①通过搔菌，将老菌种块刮掉，同时轻轻划掉料面菌膜，减少表面菌丝伤害，有利于菌丝恢复。同时，做好温、湿、光、气四要素的调节。②待料表面有原基现出后再撑开袋筒，防止料面失水。
六、袋壁出菇
原因：装袋太松，后期袋壁与培养料之间出现空隙，出现侧生菇。
对策：装袋时将料装坚压实，上下均匀一致，料贴紧袋壁。
七、幼蕾变色枯死
原因：诱导出菇阶段分泌的小水珠未及时风干，使菇蕾原基被水珠浸没，缺氧窒息。
对策：原基现出时，若料表面出现细小水珠时，注意增加室内通风，使小水珠风干。小水珠颜色呈淡黄色，清亮时为正常，若呈茶褐色或混浊时，视为被杂菌侵染。
八、原基形成较多，而有效成菇数偏少
原因：金针菇发育不同步，为抑制开伞片面提高CO2浓度，过早拉直袋口，使大多数菇蕾因供氧不足而窒息死亡。
对策：在子实体形成
期间应根据其生长发育的不同情况，分阶段进行通风调节，子实体形成后期应增加通风次数，加大通风量。料面普遍出现菇蕾后再拉直袋口，这样可提高有效菇数量。
九、出现菌盖相连或菇柄扁平的畸形菇
原因：菇房中通风不畅，菌丝未达到生理成熟，培养基过干，菌种老化等原因均可造成畸形菇。
对策：按不同生长阶段CO2浓度需用量，用简易CO2测定仪进行监测，需通风时及时通风，子实体发育过程中光照强度应低于200lx，每日受光2小时，可分数次进行。
十、菇蕾发育过程中易开伞
原因：①发菌质量低，若菌丝稀拉，装料不实，营养缺乏，即使出菇也易开伞。②栽培管理过程中温度、湿度、氧气、光照不协调。
对策：培菌过程中加强空气循环，防止烧菌现象，培养料含水量不应低于50%或高于70%。同时注意菌袋是否彻底灭菌，栽培种是否受到隐性污染。
十一、转潮缓慢，且下潮出菇参差不齐
原因：袋内失水，料表面缺水。
对策：上潮菇出菇后，及时用补水器向袋内注水补湿，或将菌袋置水池中浸泡，待菌袋吸足水后，倒去多余的水分，扎起袋口，以利保温保湿，等再次现蕾后打开袋口转入常规管理。
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