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秋季，石榴树往往会萌发许多二、三次新梢，从而使树冠枝条密集，造成通风透光不良，引起果实增大慢、着色不良，也影响内膛叶丛枝和短枝形成花芽和新结果母枝。因此，加强秋季修剪显得尤为重要。
1、疏枝继续剪除密生的、徒长的、有病虫的萌枝、萌蘖。要求疏枝后树冠下的光斑均匀分布于地面上，以占全树冠投影面积的10％-15％为适合。保证果实直接见光，使内膛叶丛枝及短枝见光充足，形成花芽快。对剪下的病虫果枝，采取深埋或焚烧措施。
2、剪根于10月中旬至11月即采果后及落叶前，对根系进行修剪。石榴树衰老的主要原因来自于根系。根系长期占据一定的土壤面积，由于选择性吸收的结果，使许多无用甚至有害的元素逐渐积累起来，形成对根系的毒害。另外，原来土壤营养和施用肥料，满足不了树体扩大和结果的要求，随之引起部分根的衰亡。某些土壤病菌从伤口侵害根系，使根系受害死亡，根系长期得不到更新，吸收力减弱，影响地上部生长与结果。因此，根据石榴树结果情况，逐年进行根系修剪是十分必要的，可结合秋扩穴翻施有机肥进行。在树冠外围挖环状或平行沟（深度50-100厘米），切断部分小于1厘米直径的根，有利于根系再生和扩大。
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