近几年来，一些香菇产区出现了不同程度的菌棒腐烂现象，造成了资源的浪费和菇农经济损失，局部地区已严重威胁香菇业的发展。如浙江省庆元县贤良镇1999年菌棒腐烂率达17%，个别农户达50%以上，损失惨重。对此，我们自1999年以来进行了专门的研究，初步探明腐烂的原因和防治技术。
1.菌棒腐烂原因
菌棒腐烂多发生在栽培年数较长的老菇区，其根本原因是竞争性杂菌入侵感染，故一切诱发杂菌入侵感染的因素都会导致菌棒腐烂，归纳起来有以下几个方面。
（1）栽培品种抗逆力减弱 抗逆力减弱是品种种性退化的一种表现，这是菌棒腐烂的内因。
老菇区一些当家品种种植多年，种性退化，菌丝生命力减弱，对环境适应能力差，抗杂菌入侵能力下降，竞争性杂菌就能乘虚而入，引起菌棒腐烂。如香菇241－4品种，因栽培年数已久，近年来其丰产性、抗逆性都明显下降，其菌棒也易腐烂。
（2）栽培环境恶劣 栽培环境恶劣导致菌丝生长受阻、抗逆性减弱或衰老死亡、自溶而引起菌棒腐烂。夏季高温、通风不良、消毒药品使用不当、原材料变质等因素也能诱发腐烂。
（3）虫害伤害 菇类害虫从通气孔进入菌棒生长繁殖，直接咬食菌丝体，菌丝体受伤后形成局部高温、高营养环境，使竞争性杂菌入侵感染，形成虫菌交叉感染，导致菌棒腐烂。老菇区虫口密度高，为害重，烂棒也相对较为严重。
（4）刺孔损伤 栽培过程中刺孔通气操作不当，刺孔器械（铁钉、竹签等）直接刺伤菌丝，导致杂菌入侵感染而发生腐烂。
（5）药害损伤香菇菌丝或子实体对多数农药都很敏感，易造成药害损伤。如敌敌畏、乐果等对菌丝有明显的毒害作用，菇农使用这些农药进行治虫，结果虽治了害虫却伤了菌丝，菌棒依然腐烂。
此外，还有因顽固性寄生菌或病毒直接入侵或干扰，而引起菌棒腐烂的情况。
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