平菇菌种作为群体，随着菌丝细胞的分裂和生长，常出现变异，从而导致退化。因此，菌种的保藏不是一个简单的常规程序。虽然平菇菌种在适宜的环境条件下可以保藏较长时间，其理想的生产和生物学性状也能得以保持，但是，许多常规的保存方法可能会引起退化。
根据遗传学基本原理，表现型是生物的基因型和外界环境条件之间反应的结果（特别是数量性状的表现受环境条件影响较大）。这就意味着退化可以由基因型变化引起，也可以由环境条件的变化而发生。
生物细胞的退化常由一些不良环境条件引起，如营养缺乏、氧气不足、代谢的有毒物质积累等，使细胞器发生变化，甚至解体，造成必需的细胞成分丧失、一些有重要生理功能的酶合成或作用受阻。菌丝体的生长能促进上述某些因素进入作用状态。菌丝体的生长一方面使构建细胞所需的基质中的物质减少，同时产生构建自身、维持生存生物量所需的物质和能量。当生长中不能添加新的养分时，基质的消耗会使细胞的代谢率降低。同时，细胞的代谢产生大量有机酸使基质pH下降，并有有毒物质积累。菌丝细胞的无限生长、养分的枯竭、代谢产物的积累，对菌种优良性状的保持都是不利的，对于菌种保藏也都是不理想的。
菌丝在无限的生长过程中，会产生变异，这可能产生于核基因的突变，也可能产生于胞质的遗传物质，而且这种变异可以积累。这对菌种在保藏中的旺盛生长和无限制的生长都是不利的。因此，菌种在保藏中不应使用加富培养基，也不应频繁转管，以限制其营养生长。
目前对于食用菌菌种退化的确切原因尚未完全在遗传学和细胞学、亚细胞水平上得以证实，但就现有的知识，对其上述推断肯定是合理的。对于一个好的菌种来说，给予适宜的生长条件，应用精良的保藏技术，其优良特性是能够保持的。
由于平菇属于异宗配合种类，单孢培养物不具出菇能力，生产用菌种都是具出菇能力的双核菌丝体。因此，生产用菌种也都是保藏其双核菌丝体。当然，单孢培养物（单核菌丝体）在进行遗传学研究和优良品种的选育上有着重要作用，也需妥善的保藏。
菌种保藏的主要目的在于：
①在较长时间内保持菌种的生存；
②保持菌种遗传和生理上的稳定性，从而使菌种保持科学研究和商业应用上的价值；
③保持品系的纯正，尽量减少变异和退化的发生，延长菌种的使用年限；
④保持菌种处于纯培养状态，免受其他微生物的侵染。为了达到这些效果，菌种在保藏前必须处于良好的状态。从培养基配方、制备、灭菌、培养等诸多方面严格把关。培养基的配方和培养条件等诸多因素都直接影响着菌种的生理状态，进而影响保藏效果。处于良好状态的菌种，应用适当的保藏技术，保藏后会出现最好的生长状况和正常的形态特征，并能正常形成子实体。所以，菌种保藏与优良品种的选育是同等重要。
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