草菇是目前普遍栽培的一个高温品种，也是在食用菌里规模栽培要求温度最高、生长周期最短的品种。但在生产中常出现菌丝萎缩现象，严重影响其产量和品质。可采取如下措施防治：
一、选用优质菌种菌龄过长或过短、菌种退化、菌丝生活力弱、抗逆性差，或菌种长时间在温度过低、过高的环境中存放，都会出现播种后不萌发、菌种块菌丝萎缩的现象。因此，在生产中要选用适龄、优质菌种，并确保培养过程中温度不要过低。
二、控制好培养料温度当气温较高、培养料偏厚、菇房保温性能较好时，播种后培养料内温度较长时间超过42℃，会导致菌丝萎缩、死亡或造成烧菌。当温度偏低或昼夜温差过大时，也会引起菌丝生长缓慢或萎缩。一般在菌丝生长期，料温不能长时间低于30℃；低于28℃虽然菌丝会生长，但产量不高，甚至不出菇。据此，在播种后要密切注意菇房内温度及料温。温度过高，要通风换气降温，也可空间喷雾、地下倒水；温度低时要及时保温和加温。
三、控制好培养料水分栽培草菇因培养料偏干而引起菌丝生长不正常的情况较少，但含水量过高，超过75％，或薄膜覆盖过严，培养料不透气，加上菇房通风条件不好，菌丝会因缺氧等萎缩或自溶。因此，在处理培养料时应掌握宁干勿湿的原则，待喷“出菇水”时再适当增加水量。
四、调水要适当调水时，水温过低、水流过猛、水量过大，菇蕾太小、通风不及时，都会引起菌丝萎缩或死亡。所以，在调水时水温必须在5℃以上；若料温偏低，水温最好在30℃以上。
五、预防杂菌和虫害竞争性杂菌与草菇菌丝争夺营养。害虫，如线虫、螨、菇蝇幼虫蚕食菌丝，并引起杂菌、病毒感染，从而导致菌丝萎缩或死亡。为此，要切实搞好以下几项：二次发酵要彻底，要及时杀灭菇房内杂菌和虫害；应选用优良菌种，并保持菇房周围环境卫生。
六、谨防药害播种后，如果使用药物不当、浓度过大、使用量过大等，或喷水容器装过农药未清洗干净，或在料中添加过量的尿素而产生重氨料等都会导致药害，造成菌丝萎缩或死亡。因此，在使用药物前，一定要对症下药，并仔细阅读使用说明。喷水的容器必须与喷农药的容器分开使用，以免引起中毒。
