标准体系(StandardSystem)是一定范围内的标准，按其内在联系形成的科学的有机整体。我国果蔬加工国家标准由国家质检总局发布，行业标准分散在六个行业制定发布，赋予了六个行业标准号，即林业(LY)、农业(NY)、商检(SN)、商业(SB)、供销(CH)、轻工(QB)。标准体系存在的问题主要体现在以下几方面：
大量发布，相互重复
新鲜果蔬质量标准重复制定，如苹果既有国家标准，又有农业部颁布的无公害食品标准、绿色食品标准、苹果外观等级标准，还有商业部颁布的苹果销售质量标准；柑桔也是既有国家标准，又有无公害食品标准、绿色食品标准；草莓既有农业行业标准，又有无公害产品标准；鲜葡萄没有国家标准，但同时有无公害食品和绿色食品标准及供销行业标准；香蕉有国家标准、无公害食品标准；西瓜、菠萝、桃、哈密瓜、荔枝都是既有无公害食品标准又有商业行业标准。
标准老化，更新缓慢
标准发布年代多集中在上世纪80-90年代，标龄5年以上的占将近90％，一些标准自发布起从未修订过。行业标准中标龄10年以上的占一半以上。相比之下，美国标准体系的动态性非常强，80％以上的标准和法规都经过3次以上的修订，有的不到3年就修订一次，保证法规和标准与生产、贸易需求一致，也正因如此，美国才能一直在果蔬加工国际标准化活动中处于主导地位。
结构失衡，存在空白
与发达国家及国际性标准组织如CAC、ISO的标准体系相比，我国缺乏一些重要果蔬加工原料的质量标准和分级标准，无法实现对产品的质量认证及优质优价；贮藏运输、包装标识标准不能满足果蔬贮藏流通的需要；产品品质检验标准不全面，例如没有胡萝卜素、抗坏血酸、柑桔制品精油含量的测定标准，果蔬汁检验方法标准太少，只有类胡萝卜素全量和游离氨基酸含量的测定方法，而欧盟针对果蔬汁的检验方法标准就有36个；卫生标准及相应的检验标准不够全面，例如缺乏干制、冷冻果蔬卫生标准；缺乏系统的新鲜果蔬农药残留、重金属及其他有毒物质的限量标准；没有果蔬制品中二氧化疏、5-羟甲基糠醛、棒曲霉素、镉、铅、砷、汞等有害物质含量的测定方法标准；缺乏农药多残留检测方法标准，单残留检测方法标准也数量不够；保障全过程食品安全的标准不完善，没有控制果蔬微生物污染的GAP，保证工厂设施、雇员及环境卫生的GMP不完善，加工企业HACCP管理体系不健全。
水平偏低，操作性差
发达国家的果蔬质量分级标准是从方便贸易、方便检验和认证的角度出发制定的，实用性和操作性很强，例如就质量因素来讲，通常因缺陷和经取样检验的缺陷的计分数值代替腐烂、异味、冻害、病虫害、机械伤等复杂的文字描述。我国果蔬加工企业生产大多用企业标准，国家和行业标准没有发挥应有的作用。一些标准制定水平低，例如产品标准对质量因子的描述过于简单，没有关于质量要素的计分体系或数量描述，容易出现主观偏差，不便于依据标准对产品进行检验，导致标准的操作性和实用性较差。
指标不足，实施困难
我国苹果浓缩汁没有统一的国家标准，只有一个1993年颁布的轻工行标，与发达国家标准相比内容很不完善，其中没有判定果汁含量的指标，无法按标准对果汁进行鉴别。与德国苹果原汁RSK值的比较可以看出，国外标准对反映果汁纯度的指标规定较多，而且多用数字表示，如感官指标用了不同分数以利于判定；而我国标准对产品质量因子描述倾向于定性文字描述，易出现判定偏差；我国标准对决定果汁质量非常关键的果糖、葡萄糖、葡萄糖／果糖比、蔗糖、柠檬酸、甲醛值等质量因素都没有要求。我国橙浓缩汁的国家标准从6个成分的含量来判断其品质，而德国橙原汁RSK值标准有30多项指标，这些指标多数有一定的数值范围，我国国家标准则只有一个确定值，不利于标准的实施。
