猴头菇栽培中，常出现畸形怪状菇体，直接降低商品价值和影响生产者经济效益，因此成为生产中的一个难点。究其原因主要是栽培管理生态失控。这里介绍畸形菇类型、形态、发生原因及避免措施。
1.光秃无刺型菇体呈簇状分枝，个体肥大，表面皱缩粗糙，无刺毛，肉质松脆，略呈黄褐色，香味正常。发生原因主要是温度偏高，湿度偏低，籽实体水分蒸发量过大，而湿度又没及时跟上，致使不长刺毛，形成光秃菇。预防办法：注意控温保湿。野外菇床栽培的，当气温超过25℃时，应早晚揭开盖膜通风，白天把两头盖膜打开，使其透气。畦沟灌水降低地温，空间喷洒雾化水增加湿度，保持空气相对湿度90%以上，并把遮盖物加厚，减少阳光透射，降低水分蒸发。
2.珊瑚丛集型菇体基部多次分枝，形似珊瑚，明显可看到一条似根状的菌索与培养基相连。这种籽实体有的在出菇期就死亡，有的能继续生长发育，小枝顶端不断膨胀，形成多个状态的小籽实体。其原因主要是二氧化碳浓度过大，刺激菌柄不断分化，抑制中心部位的发育，致使形成不规则的珊瑚状。也有的是因为培养料中含有芳香化合物杀菌物质，使菌丝生长受到抑制或刺激。预防办法：①加强通风换气，改善环境条件。②选择培养料时，注意剔除杉、松、樟、杨槐等含杀菌物质的树木。③已形成珊瑚状的籽实体，在幼小时将它连同表面培养料一起刮掉，然后再进行培养，可照常出菇。
3.色泽异常型菇体色泽变黄，菌刺短而粗；有的籽实体发红色，或幼菇开始萌发到成熟均呈粉红色，其菇体味苦。此类色变的原因，主要是温度偏低。常因秋冬季栽培，气温突降，籽实体发育生长阶段低于10℃，菇体便发红，并随着气温下降，色泽加深。有的因通风时，籽实体受到直流风刺激，菇体萎黄。对色变的菇，应区别病因对症处理。因低温引起的，则在安排接种时，就要考虑到接种后25天左右，当地气温以不低14℃为妥，以此为界往前推算最佳接种期，即可回避低温为害。升温办法：野外畦栽可把塑料薄膜盖严密，中午气温高时通风，并把遮盖物拉开，引光增温，同时尽量避免通风直吹菇体上，或在风口处的菇袋上加盖湿纱布。
4.萎缩霉烂型菇体前期长势正常，生长期中间刺毛萎倒，菇体皱缩。有的菇体变褐发霉。前者常因温度过高，空气干燥，明显缺水，以致停止生长；逐渐萎缩干枯。应及时喷水，微量喷雾在菇体上使其恢复。如发现菇体霉烂的，则为病害或霉菌侵染，应加强通风，降温。已出现霉烂的要及时挖除，并局部涂抹3%的漂白粉水或1%石灰水，控制杂菌蔓延。
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