1、施肥管理：施肥位置应在树冠外缘，即滴水线以外10～15厘米处，叶面喷肥在阴天或傍晚进行，切忌在阳光猛烈时喷肥。
促生肥：在定植后10～15天开始施肥，以速效肥料为主，每株施尿素15～20克，以后每隔10～15天施肥一次，由稀至浓，逐渐加大肥量。同时结合根外追肥，叶面喷0.2%～0.3%磷酸二氢钾叶面肥。
催花肥：小果番木瓜于26～28片叶龄时现蕾，现蕾前后要及时施催花肥，量稍重，每株可施尿素50克、复合肥25克、钾肥25克。另外，缺硼地区在花期喷施0.5%硼砂和每株加施3～5克硼砂，每隔30天施一次，连续3～4次，以防瘤状病发生。
壮果肥：进入座果期，增施较重的肥，满足基部果实发育和顶部开花坐果的需要，在6～9月每月施重肥一次，要求氮、磷、钾水平较高，以复合肥和钾肥为主，每次每株施复合肥75克、钾肥75克。8月加施有机肥，如沤制腐熟的花生麸等，以提高果实品质。
2、土壤管理：定植后2～3个月内，注意除草。每一年生长周期，培土3～4次，培土厚3～5厘米，避免露根。
排灌：园地注意排灌水，营养生长盛期和膨果期需要较多的水份，要勤灌溉，果园土壤含水量以最大持水量70%左右为宜。汛期要做好排水，防止积水。
3、果园管理。疏芽及疏花果：叶腋处的侧芽应及时摘除。每一叶腋留果一个，最多不超过三个果，雌性株座果率高，可留1～2个果；长圆形两性株若间断结果明显，则可部分留2～3个果，多余的花在开花前应及时疏去。若只收当年果实的，留果至9月初即可，单株平行留果22～27个左右，以后的花果全部疏去。疏果在晴天午后进行。
人工授粉：应选择晴天进行授粉，每天早上10点之前，对当天开放的花朵进行授粉，用镊子将当天散粉花朵上的花粉收集于玻璃器皿上，然后用毛笔将花粉授在雌花或两性花柱头上。大面积生产可以不进行人工授粉，而让其自然授粉。
防风：沿海地区在台风季节要做好防风工作，以尼龙绳或竹、木支撑加固树体。
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