高锰酸钾溶液具有很强的杀菌、消毒作用，用于防治多种种苗病害效果很好，无毒、无残留，又可作微肥防治苗期猝倒病、立枯病、霜霉病、软腐病、枯萎病、根腐病、病毒病等病害效果很好。浸种消毒：可用0.3％至0.5％的高锰酸钾溶液浸杉、松、桉、樟、油茶、楠、木荷、茶叶、毛桃、枳壳等种子；或用0.1％至 0.2％高锰酸钾溶液浸大豆、花生、玉米、西红柿、西瓜、黄瓜、茄子、甜瓜等蔬菜和瓜类种子。一般浸泡2至3小时，用清水洗净阴干后播种，能消除种子所带的病菌，促使发芽迅速，生长整齐。
喷雾或灌根：1．幼苗猝倒病。多发生在4至6月，对松、杉、樟、楠、桑、榆、桉、椿、桦、银杏和果树花卉苗木，在发病初期用0.3％至0.5％的高锰酸钾溶液；对瓜类蔬菜苗期的猝倒病，在出苗后每隔7 至10天用高锰酸钾溶液800至1000倍液喷雾，需防治3次，发病率可控制在2％左右。2．幼苗枯萎病。防治瓜类、豆类、茄果类蔬菜、花卉枯萎病，效果好于托布津、敌克松等农药。一般在大田发病初期，用高锰酸钾800至1000倍液全田逐株灌根，每株用药150毫升，每隔5至7 天灌一次，连灌3次，能取得显著的防治效果。3．防治病毒病。辣椒等茄果类蔬菜花卉发病初期，用高锰酸钾 600至800倍液，西葫芦等瓜类用1000至1200倍液对全株进行喷雾，每隔5至7天喷1次，连喷3至4 次，可控制病毒病的蔓延。注意在防治病毒病前，应先对植株上的刺吸式口器害虫，如蚜虫等进行防治，阻止蚜虫带毒传染。4．防治霜霉病。高锰酸钾防治蔬菜、花卉霜霉病的效果明显高于百菌清、代森锌等农药。如黄瓜在出苗后至2叶1心至结瓜前用高锰酸钾600至800倍液喷雾，每隔5至7天一次，连喷4次，可防止霜霉病的发生。在出现中心病株时，用高锰酸钾600倍液连喷3次，具有良好的防治效果。5．防治十字花科蔬菜软腐病。羽衣甘蓝及大白菜的苗期和莲座期，用高锰酸钾600至800倍液喷洒3至4 次，可用效防治软腐病，并可兼治霜霉病。 6．防治根腐病。在杉、松、樟、泡桐油茶、乌桕、月季、玫瑰、桂花和果树、花卉苗木，根腐病发生初期用0.3％至0.5％高锰酸钾溶液喷雾和灌根，防治效果可达91％至95％；对瓜、茄、豆类、蔬菜及棉花等作物在苗期发生根腐病，用500至600倍液喷雾和灌根，每隔7至10 天喷一次，连喷3次，能控制危害。此外，杉苗立枯病、柳杉赤枯病、橘苗炭疽病、栗苗白粉病、茶苗菌核根腐病等，在幼苗发病初期用高锰酸钾400至500倍液喷雾和灌根，防治效果可达 96％以上。
使用高锰酸钾时，配药时应不断搅拌，使高锰酸钾充分溶解，并随配随用，防止久放失效。另外，喷药应选择在上午9时左右或下午4时以后进行，幼苗7叶前施药应在喷药后5分钟及时用清水冲洗，防止产生药害。
