（1）百合叶枯病又称百合灰霉病，是一种普遍出现的病害。重要为害叶子，也可侵害茎、芽和花。叶上病斑圆形、椭圆形，大小不一，浅黄色至浅红褐色，呈水渍状。温暖潮湿状况下，病斑变薄且脆，浅灰色，呈半透明状，严重时可导致全叶枯死；茎部受害变褐或发生缢缩，致使植株折倒；幼株受感染时茎叶成长点变软，靡烂死亡；花蕾受害初期形成褐色小斑点，随后发展导致花蕾腐烂。潮湿状况下，病部出现大量灰色霉层。病菌重要以菌核遗落在土壤中，以菌丝体在病残体上越冬。翌年春天，越冬后的菌丝体在病部或在菌核上长出灰色霉层，分生孢子经过气流传播导致初次侵害。田间植株病部上的分生孢子由风雨传播，快速扩大蔓延。此菌成长适温为22-25摄氏度，一般6月上旬雨水多，雾露重，田间RH90%时病害蔓延较快。
（2）百合病毒病病株体现花叶、浅绿、深绿相间的斑驳。病重植株显著矮化，鳞片较短，有的产生褐色和坏死斑。据调查，病毒病的形成与种子的来源有更强的关系，一一些本地留种没有脱毒，另一一些从荷兰引进的，种球价钱很高，但仍然病毒很严重，栽培的百合病毒病一般在30%以上。
（3）鳞茎基腐病重要为害百合植株茎基部，影响植株成长，引起全株死亡。此病在许多地区发病较普遍，发病率一般为10%-15%，高则达10%-30%。通常在植株开花时开始发病，植株基部变暗褐色腐烂，叶子下垂变黄，最终引起死亡。病菌在土壤中随病残体越冬，成为病害的初感染源。土壤淹水、粘重、施用了未充分腐熟的肥料，以及线虫和地下害虫的为害等 因素易导致发病。此菌要求较高的温度湿度，所以，常在植株成长中后期、气温升高、间断阴雨后转晴时病害忽然产生。
（4）百合叶尖干枯病此病产生较普遍，重要为害叶尖，受害叶尖变黑褐色坏死或干枯并不时向叶子基部发展蔓延。叶子中央受害，产生纺锤形或椭圆形病斑，边缘褐色或红褐色，中间灰白色，病部上散生很多小黑点。病菌在病残体或田间病株上越冬，第2年借风雨传播，从伤口侵入或表皮侵入，酿成田间发病。此病在6月份开始发病。肥水管理不佳、植株成长衰弱的易发病。
（5）百合疫病又称百合脚腐病。在雨水多的年份发病较重，引起茎叶腐烂，植株倒伏，影响鳞茎产量。重要为害茎和叶子，叶子上出现水渍状灰绿色至褐色大斑，无显著边缘。发病严重时，花、鳞茎展现出水渍状褐色斑，腐烂，天气潮湿时病部长出稀疏的白色霉层。茎部和茎基发病，初为水渍状、褐色皱纹条纹斑，逐渐向上、下扩大，引起茎部腐烂，植株枯萎折倒，有时嫩叶茎顶端出现枯萎。病菌随病残体组织遗留在土壤中越冬，第2年春节条件适宜时，侵害寄主导致发病。下雨多，空气，土壤湿度大时，病部出现大量孢子囊，经过雨水飞溅导致再侵害。
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