近年来，在嫁接黄瓜生产中根腐病产生较重，影响了黄瓜的产量和效益。嫁接黄瓜根腐病多形成在使用黑籽南瓜嫁接的黄瓜生产田中，在黄瓜开始采收前成长正常，黄瓜开始采收后开始发病。
用作砧木的黑籽南瓜茎基部出现水浸状变褐腐烂。发病轻的外部症状不显著，砧木和接穗的维管束不变褐，但毛细根变褐腐烂，主根和支根一一些变成浅褐色至褐色，严重的根部所有变成褐色至深褐色，后毛细根基部出现纵裂。且在不整齐的纵裂中央出现灰白色的黑带状菌丝块，在根部细胞上可见密生的小黑点，是病原菌分生孢子器。接穗黄瓜发病进程缓慢，初期叶子失去活力，晌午前后产生萎蔫，早晚或阴天尚可恢复。持续很多天后，下部叶子枯黄，并逐渐向上扩大，侧枝和瓜条的发育受到控制，致使全株死亡。
嫁接黄瓜根腐病由拟茎点霉真菌侵害所致。病菌发育适温24摄氏度～28摄氏度，最高32摄氏度，最低8摄氏度。病菌随病残体在土壤中越冬，翌年定值嫁接黄瓜易发病，地温15摄氏度～30摄氏度均可发病，20摄氏度～25摄氏度发病重。
嫁接黄瓜根腐病的防治和治疗办法：
1.搞好苗床消毒。在高温季节晴天密闭大棚，育苗床或育苗温室土壤覆盖塑料膜，应用太阳能高温闷杀进行土壤消毒，使床土在50摄氏度左右的条件下处理10分钟，可杀灭土壤中大一些致病病菌，大大下降发病率；对发病重的地块或苗床可用多菌灵、敌克松或甲基托布津等，药和土按1∶10的比例配成药土，播种或定值前用药土进行土壤消毒处理，也可用绿亨1号(土菌消、恶霉灵)等药物进行床土处理。
2.增加管理，提升抗性。订植前测土配方施肥，增施有机肥。定值后，前期恰当抑制浇水，以提升地温，促使根系发育。结瓜后恰当加强浇水次数并准时追肥，避免脱肥酿成植株早衰。小心通风降湿。
3.选用抗病砧木品类。如河北省农林科学院经济作物研究所与唐山恒丰种业共同选育的绿洲天使、神根等黄籽南瓜砧木新品类。
4.用药防治和治疗。发病初期用50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液灌根，每棵灌药液250毫升。
