(一)选育种。
莲藕的选育种主要包括无性选种和有性杂交育种等方法。
1.无性选种。
我国莲藕的种质资源丰富，为无性选种提供了很好的条件，近年来从无性系的优株中选育成的品种有科选1号、鄂莲1号、浙湖1号、武植2号、赣莲85-4、赣莲85-5等。无性选种的方法是广泛发动莲藕产区的群众，对于产量高、品质好、适应性强、抗病力强、特早熟或特晚熟等单株，及时报送到有关的科研部门或农业主管部门，并进行无性繁殖和推广。
2.有性杂交。
有性杂交是培育莲藕新品种的有效方法之一，已广泛应用在莲藕的育种上。有性杂交可以充分利用父母本的优良性状，有目的地培育高产、优质、抗病性强、特早熟或特晚熟等新品种。近年来通过有性杂交培育的新品种有鄂莲3号、扬藕1号、鄂莲4号、湘白莲1号等。
(二)留种。
要获得高产、优质的莲藕或莲子，莲藕的留种很重要。藕留种时，种藕要在藕田中越冬。越冬期间，田里要保持一层浅水，不能干燥，冻裂。在不能经常保持浅水处，要用稻草覆盖防寒，第二年栽藕前挖出种藕，随挖，随栽。每亩留种田，可供5～6亩地用种。连作藕田留种时，在采藕时，用采八留二的方法留种，即每采2米宽留0.5米宽不采，作为下年种藕。以后各年，轮换采收和留种部位。
留种田的栽植与大田生产相似，唯栽植与收获较晚。大田采收后留种田仍应加强田间管理工作，尤其是水分管理和病虫害的防治。留种田冬季不能断水，应保持3～5厘米的浅水，防止土壤干燥，使种藕受冻。种藕采收一般要到大田栽植时随栽随挖，谨慎小心，保持藕身完整，不要损伤碰断芽头。
种藕收获后，到栽植时还应对种藕选择一次。根据品种特征，选藕身端正、肥大、完整，先端有子藕，无病虫害、无伤痕的作种。
此外，还应在生长期间在田间进行去杂去劣，及时扭折花梗，捏碎小花蕾，使养分集中结藕。
为了探索莲藕的良种繁育技术，武汉市蔬菜研究所曾对莲子繁殖、整藕繁殖、主藕繁殖、子藕繁殖、藕节繁殖和顶芽繁殖几种繁殖方法进行比较。从产量、质量、生长发育动态等各方面进行观察与分析，认为应该推行子藕作种的繁殖技术，改进了传统主藕作种的方法，是简便易行的繁殖方法。顶芽作种是一个有前途的繁殖方法，但要与育苗技术相配套。种子繁殖不宜在生产上推广应用，而在育种上是一个必要的手段。
