病害黑腐病主要危害叶和根。叶片染病，叶缘呈“Ｖ”字形病斑，叶脉变黑，叶缘变黄，后扩及全叶。根部染病导管变黑，内部组织干腐，外观症状不明显，髓部多成黑色干腐状，后形成空洞。高温多雨、灌水过量、排水不良、肥料末腐熟、连作及人为伤口或虫伤多利于发病。药剂防治可在发病初期喷洒41%的好力克悬浮剂5000倍液、72%农用链霉素3000-4000倍液或50%DT可湿性粉剂500倍液，7-10天一次，连续防治3-4次。
黑根病主要危害根部。后期显症，症状出现在侧根着生的部位，病部外皮为紫色至黑色，把根毛围住。未感病部位继续生长，感病部位缩小且开裂，呈辐射状条纹向里扩展，致组织变硬，无食用价值。田间排水不良、土壤粘重及反季节栽培易发病。发病初期喷洒72%杜邦克露可湿性粉剂1000倍液或72.2%普力克水剂400倍液，每平方米喷淋2-3升。
病毒病植株明显矮化，叶片叶色黄绿相间或发生畸形。蚜虫是重要传播媒介。田间管理粗放，高温干旱，蚜虫、跳甲发生量大或植株长势弱发病较重。发病初期可用8%的菌克毒克水剂1200倍液、1.5%的植病灵水剂800倍液，每7-10天一次，连续2-3次；也可以“叶绿精”肥800倍液每7-10天一次，以增强植株的抗性，并同植病灵或菌克毒克一起施用效果更好。
糠心病萝卜肉质根木质部中心部位发生空洞现象称为糠心，是一种常见的生理障碍现象。起初在木质部薄壁组织大型细胞离输导组织远，糖分减少甚至消失，产生细胞间隙，随之出现气泡，最后形成糠心。生长期短的早熟品种及肉质疏松的大型品种易糠心。萝卜生长中后期供水不足、萝卜抽苔、贮藏期间遇高温干燥环境等均易出现糠心。要加强肥水管理，保持土壤湿度均匀。萝卜3-5叶期，每亩用15%多效唑粉剂15克左右兑水50公斤喷雾可防止糠心，并提高产量和品质。贮藏期间温度控制在0-2度，相对湿度90%-95%为宜。
虫害蚜虫可用70%艾美乐水分散粒剂1-2万倍或云大啶虫脒乳油1000倍液或15%的金好年（丁硫克百威和吡虫磷的复配剂）乳油1500倍液；猿叶虫、黄条跳甲等“壳壳虫”可用10%的高效灭百可乳油3000倍液或4.5%云大安治乳油800倍液；小菜蛾和甜菜夜蛾等可用10%的除尽乳油或2%的阿维菌素乳油1500倍液防治；蛴螬、地老虎等地下害虫可用4.5%的云大安治800倍液进行灌根。
