为进一步贯彻“预防为主、综合防治”的植保方针，统筹规划小麦条锈病中长期治理工作，加大源头治理和综合防控力度，稳定提升粮食综合生产能力，农业部特制定小麦条锈病中长期治理指导意见如下。
（一）基本思路：树立和落实科学发展观，贯彻“预防为主，综合防治”植保工作方针，建立小麦条锈病持续治理机制，坚持“长短结合、标本兼治、分区治理、综合防治”策略，以越夏区治理为基础，以冬繁区控制为关键，以流行区预防为重点，统筹规划，全面推进。
（二）技术路线：以生态区为单元，配套组装关键防控技术。坚持科研和推广相结合，进一步明确小麦条锈病流行规律和区域分布，加速培育和合理布局抗病品种；坚持试验和示范相结合，试验先行，示范为重点，建立不同生态区小麦条锈病综合治理配套技术体系；坚持培训和宣传相结合，通过举办培训班，编印宣传材料和组织现场会等多种形式，提高技术入户率和到位率；坚持专业防治与群众防治相结合，扶持发展多元化、社会化专业防治组织，提高科学防治水平。此外，还要建立与技术路线相适应的物资保障体系，为防治工作提供有力支持。
（三）各区域具体目标：越夏区：改造小麦条锈病新小种产生的策源地（陇南海拔１４００－２０００米麦区，川西北１８００－２８００米麦区），减少核心越夏区小麦种植面积２０％左右。抗病品种种植比例７０％以上，药剂拌种（包衣）率８０％以上，专业服务组织防治的面积比例达到３０％以上，发生区平均为害损失率控制在１０％以下。冬繁区：小麦抗病品种种植比例６０％以上，药剂拌种（包衣）率９０％以上，专业服务组织防治的面积比例达到５０％以上，发生区平均为害损失率控制在５％以下。流行区：小麦抗病品种种植比例５０％以上，专业服务组织防治的面积比例达到６０％以上，发生区平均为害损失率控制在３％以下。
（四）、技术措施：（１）越夏区：我国小麦条锈病越夏区主要包括西北越夏区（甘肃、青海、宁夏）、川西北越夏区（甘孜、阿坝、凉山等）、云南越夏区（中部、西部及西北部等）、新疆越夏区（伊犁、阿克苏、喀什等）和其它越夏区（山西北部高原、陕西南部及关中西部、湖北西北部和贵州西部等）。该区域常年种植小麦２０００万亩左右，其中西北和川西北是小麦条锈病菌核心越夏区，是源头治理的重点。
１、改造越夏基地。利用生物多样性技术减少菌源地面积。在病菌新小种产生的策源地（陇南海拔１４００－２０００米麦区，川西北１８００－２８００米麦区）实施退麦改种，因地制宜发展油菜、豆类、薯类、中药材、蔬菜、青稞等作物，逐年减少高海拔区域小麦种植面积。
２、优化品种布局。种植与冬繁区和流行区抗病遗传背景差异大的小麦品种，采取多抗源品种布局，延缓病菌变异。推广适期晚播，避开病菌侵染高峰期。
３、铲除自生麦苗。在常规冬麦种植地带要引导农民做好下茬作物规划，减少因撂荒致使散落田间麦粒形成自生麦苗。在休闲地自生麦苗产生菌源的关键时期（９月中旬至１０月下旬），进行有组织、有计划地深翻或铲除（７月下旬及以前收割的麦田应耕翻或铲除两次），有效减少菌源。
４、科学用药防治。推广小麦药剂拌种，降低秋苗感染率和减少早期菌源。根据病情监测，在秋季和春季小麦条锈病发生期实施带药侦察、早期预防，控制发生面积和程度，有效减少外传菌源量。
５、加强监测预警。开展病菌生理小种变异和主栽小麦品种抗病性监测，搞好小麦条锈病发生动态监测和预警预报，提高测报准确率，为综合防控和应急防治提供决策依据。
（２）冬繁区：我国小麦条锈病冬繁区主要包括四川盆地、陕西南部、河南南部、重庆、湖北西北部、贵州、云南等地的低山、河谷、山坝或平原。在这一区域，小麦条锈病菌不但能顺利越冬，而且还可以在冬小麦上生长繁殖，是病菌越冬的关键地区，也是当地和流行区小麦条锈病春季流行的重要菌源地。该区域小麦种植面积约３０００万亩，是降低大面积流行强度的关键治理区域。
１、选用抗病品种。淘汰近年来生产上严重感病的品种，种植与越夏区和流行区不同抗源的抗病品种。根据生态区域特点，每个生态区域推广种植不同抗性品种５个以上。
２、合理作物布局。提倡多抗源品种布局，增加品种抗病遗传多样性，防止品种单一化。结合旱地改制，推广小麦与大麦、蚕豆、蔬菜、玉米、马铃薯等其他作物的间作和套作。
３、加强系统监测。加强田间病情调查，掌握发生流行动态，系统监测病菌致病性、抗药性和主栽品种抗病性，及时发布病情预报，为大面积防治提供科学依据。
４、科学用药防治。开展小麦药剂拌种和秋季发病防治，减少春前菌源。春季以控制发病中心和中心病团为重点，选择高效低毒的三唑类杀菌剂，带药侦察，打点保面，控制本地发生面积和程度，减少外传菌源量。
（３）流行区：我国小麦条锈病流行区主要分布于黄淮海平原、长江中下游大部冬小麦种植区，是我国优质小麦主产区和最重要的小麦商品粮基地。该区域常年种植小麦２亿亩左右，是防控的重点。
１、推广抗病品种。推广种植与冬繁区、越夏区不同抗源的抗病品种。根据生态区域特点，每个生态区域推广种植不同抗性品种３个以上。
２、加强监测预警。准确掌握冬繁区病情发生发展动态，强化田间监测调查，结合本地气候变化情况，及时发布中、短期预报，做到早发现、早预警。
３、开展科学防治。大力推广药剂拌种和种子包衣，苗期采取“带药侦察，发现一点，防治一片”等措施，控制发病中心和中心病团，防止小麦条锈病大面积迅速扩散蔓延。中后期加强应急防治，控制小麦条锈病大面积流行危害
