生理病又名非生物性病害，是指植物本身由于病原以外的因子造成正常生理代谢功能失调。而造成生理障碍的原因，可能是由于内在因子诸如矿物元素缺乏、组织老化，或由于环境因子如温度、光度、异常气体组成等。
一、叶烧病
典型的叶烧症状为在叶片尖端边缘形成半圆形坏疽，有时也表现为在叶片边缘形成萎黄或坏疽或于未展开或展开之幼叶部分部位出现黄绿斑点，有时也有白色斑点。
在亚洲型杂交百合顶叶上常可见环状白化之病征；在东方型杂交百合上则叶片末展开之际即已受害，可见叶片中间缢缩，病征由白化斑至褐化斑。若叶烧轻微，作物仍可生长，若严重到白化斑变成褐斑，该处叶片会卷曲，更严重时所有的叶片及幼嫩花苞均会受损，植物即停止生长。
由于从叶烧的叶片上分离不出病原菌，一般认为可能与氟化物的污染及低pH值有关，认为避免施用具有氟化物污染源如过磷酸肥料、控制pH达6.0～7.0时则可避免叶烧发生。
一般而言，当氮肥过多、水分太高、根系生长不良、土壤含盐量高及植株茎叶生长超过根系发育时，叶烧发生率增加，且大球比小球更易发生叶烧病征。
预防叶烧的方法有：
1、不要选用敏感的品种，若不能避免时不要选用更敏感的大球。
2、于种植前湿润土壤，选择具良好根系之种球并给予深植。
3、艳阳天应采取遮荫或洒水来陶氏蒸发作用，并在敏感度增加的时期作好水分控制，防止温室温度及空气湿度较大的扩散，尽量维持相对湿度在75%左右。
4、快速的生长应尽量避免。对敏感的亚洲型百合杂交种而言，在前四星期，温室的温度需维持在10～12℃，对东方型百合杂交种而言，前六星期，温室的温度须维持在15℃。
5、注意施肥尤其避免含有氟化物的污染，调节pH值及EC值使pH达6以上。
6、会伤害根部的病虫害应给予有效的控制。
二、盲芽、消蕾、落蕾
引起盲芽、消蕾、落蕾之原因，主要和品种、种球预措及栽培温度、光度有关。一般而言，强制休眠冷藏球贮存愈久，将来种植後发生盲芽、消蕾、落蕾的机率愈增高。
就亚洲型百合而言，若于长期贮藏或延长贮运期间温度未控制良好，造成种植前抽茎花芽分化，且于种植前短缩茎伸露出鳞茎数公分以上，或延后定植，便会引起盲芽、落蕾及节间伸长受阻等问题。而在花芽分化早期遇到高温（25℃以上），不但花朵数减少，亦容易发生盲芽或消蕾现象，尤其亚洲型百合大部分品种上限温度为28℃，在30℃则落蕾严重，30℃以上高温则会盲芽。铁炮百合亦同，在30℃以上高温栽培，花蕾在3毫米左右时停止发育而造成发育不良个体。
一般而言，在花芽分化早期遇到低温影响尚小，一旦露蕾而尚未完全发育时，遇到低温则易发生消蕾或落蕾的现象。对铁炮百合而言约1厘米以下的花蕾遇8℃之夜温，20日后即发生消蕾；花蕾2厘米时遇9℃左右之低温则花蕾发育不良且异常花发生增多；而6厘米以上之花蕾即使保持昼温13℃，夜温0℃，40日后亦不发生异常现象，也就是说发蕾后到花蕾达6厘米之前，如果遭遇低温容易发生异常花，因此，此时期之温度管理尤为重要。
因此，为防止花芽分化与发育失败，应避免种球过度强制）令藏，萌芽鳞茎种植时勿超过3厘米。在栽培期尽量保持在日温25℃以下，夜温15℃，避免25℃以上的高温及强光。对高温敏感亚洲型品种，夏季种植需有降温设施，如蒸发）令却系统与遮荫，以控温在28℃以下，可有效减少落蕾率。至於乙烯气体的污染，包括因逆境时造成乙烯过量生成而引起落蕾，可施用乙烯抑制剂以消减落蕾问题（Mason，1991），另亦可从育种着手，选育抗耐逆境品种。
三、日烧
日烧即指被阳光灼伤的现象。一般发生在叶片、花苞上，在露水或灌溉水未干之际，于阳光强烈照射下造成植物组织之细胞因高温而坏死。症状显于叶片组织常为于向阳面形成均匀之白化现象，于花苞则为于向阳面形成褐化之灼伤痕迹。预防方法为搭设遮荫网。勿在强日照下进行喷灌。
四、微量元素缺乏
如果栽种土壤理化性质不佳，百合容易发生营养失衡的现象，尤其以东方型杂交百合最为敏感。一般缺铁、锰、锌造成植株顶端幼叶呈黄白块斑点，尤其缺铁会造成百合叶脉间的叶肉组织呈现黄绿色，缺铁症愈严重植株黄化现象愈严重。
而缺硼的现象则表现在植株的茎部，初期由外观上很难加以辨别，一般都是在植株茎部中段之叶片呈现失水黄化状才惊觉有异，剖开植株茎部可发现中间之维管已呈褐化现象，输导组织无法输送水分，导致叶片黄化。
在含钙丰富之土壤、酸硷值高之石灰质土壤、排水不良或泥泞之土壤均易发生缺乏铁、锰、锌。缺硼之症状，则主要出现在土壤干湿变化过剧之地区。
主要防治方法为：
1、调整pH值，利用叶面施肥补充，缺铁的百合可施用易吸收之铁螫合剂或用含铁的肥料喷洒植株，随後用水洗）争植株。
2、确保土壤的排水系统良好，属低pH值。
3、铁螫合剂的用量需考虑土壤的pH值及施用的时间。铁螫合剂若是属於与有机化合物EDDHA结合的，在土壤pH值为12时（所有土壤）仍可使用且可持续使用到栽培最後期。若是与有机化台物DTPA结合的铁螫合剂仅限于土壤pH值±7时使用，且必须在花芽可见时停止使用。过量的Fe-DTPA会导致叶片产生黑色斑点。
4、在施用于新品种前，需测试作物对铁螫合剂的反应。
缺氮症会使全株叶片的颜色变淡，尤其是下位叶的黄化与老化，在花序正快速张开时尤其容易发生。一般缺氮的植株外表较为细长，如果土壤中含氮量低时，则植株的茎较轻，花苞数较少，叶片在瓶插时较快变黄。因此可施用缓效性高氮肥如甲醛尿素，加入额外氮肥，以保持叶片健康。尽管施用氮肥可以减少叶片老化，但在叶片氮素含量与下位叶老化之间却未发现有明显的相关性。
防治缺氮症的方法为经常施用足量的氮，并需以土壤样品测试结果为依据，一旦缺乏症状出现，可多施一次速效性氮肥，唯施用时需注意叶烧症的发生，且确保彻底的清洗植株。
六、肥害、盐害
一般而言，百合对盐分相当敏感，幼嫩的上层根刚长出时，若周围土壤含有高量之盐分或肥料，很容易造成根尖受伤，进而影响植株对水分和矿物元素的吸收效率，不但容易造成病原菌的侵入感染，造成根系之腐败，以致地上部出现失水和黄化萎凋之病征，甚至引起消蕾、落蕾现象造成损失。另外，叶面施肥时肥料用量不当亦可造成叶部或茎部受伤，一般较常发生者为喷施含铁化合物所造成之酸害，被害部位呈现局部黑褐化，严重时造成茎部生长不良或畸形。
预防之方法为慎选肥料、营养液之种类，并谨慎考虑用量及施用时期。
七、药害
由于一般栽植百合常使用一些化学药剂如杀菌剂、杀虫剂、杀草剂或生长调节剂来维护植株的健康，一旦使用不当非但无法达到预期之效果，反而造成植株之伤害。判别是否为使用化学药剂不当所衍生出来之药害问题，其主要原则为植株之受害部位一致为一次伤害，经过一段时间後植株可正常生长及伤害症状在喷施药剂之後明显发生。
药害所呈现之病征大致为植物体局部受害，如叶缘或花苞焦枯、叶片黄化、叶片变色、茎部及花苞畸形或褐变等。预防之方法为正确使用农药，不任意混和施用，不任意提高浓度，慎选喷药之时机及认清使用对象。
八、干旱及排水不良
当植株叶片生长显示下垂、松软无力状时，即表示植株遇到干旱，此时即时的给水可以挽救这个状况。改善方法为覆盖或混入部分具有保湿力的腐植质於土壤中，以增加保水力防止过分乾燥。在栽种过程中，排水不良是不容许发生的，一旦发生则叶片会发生褐化条斑，甚至缩皱枯萎。因此在栽培地整区装设适当排水系统是必要的，如果只是小区域的问题，则可加入部分粗砂於土壤中以改善之。在栽培过程应尽量避免在植株下形成水坑，以免因排水不良而造成伤害。
九、空中结球
鳞茎定植后抽茎露土，在不同高度其顶芽叶片虽然展开，但没有节间伸长，成簇生状，同时叶身光合作用产物蓄存于叶基膨大呈鳞片状，有如鳞茎，此谓之空中结球。一旦空中结球则无法开花而失去栽培价值。
造成空中结球主要原因，其一为品种特性，如亚洲百合有些品种容易发生此异常结球，铁炮型百合品种间亦有容易在较高节位处发生空中结球者。其二为种球低温处理未饱合，种植时遇过高土温而逆春化，或抽茎后逢高气温条件。为预防空中结球发生，宜选用对低温需求低之品种，种球前处理给予饱合春化效应，种植时维持低于20℃之冷凉土温，气温则宜低于逆春化上限。
十、生理性种球贮运腐败
有时候，铁炮百合种球会在收获後开始发生劣变，且此现象常在船运後目口刻发生，会在鳞片上出现严重的褐化腐败及侵蚀斑，甚至更进一步败坏而造成细菌感染。造成这种生理障碍的原因尚不明，但是种球早期采收（即种球可能在生理上尚未成熟），或在采收及处理时的伤害，都会容易促成微生物的入侵。防治之法为生产者需延迟种球的采收时间，以避免采收未成熟的种球，并在装箱前作好种球之乾燥及冷凉处理，以免种球因旺盛呼吸而累积热，造成利于腐败微生物生存的有利环境。
