小麦条锈病病原物为条形柄锈菌PucciniastriiformisWest.f.sp.triticiErik.，担子菌门柄锈菌属。
夏孢子球形或卵圆形，淡黄色，表面有微刺，芽孔排列不规则。冬孢子梭形或棒形，双胞，横隔处有缢缩，顶端平截或略圆，褐色，下端色浅，具短柄。
条锈病菌耐寒力强，其发育与侵入所要求的温度均较低。菌丝生长和夏孢子形成的最适温度为10℃～15℃，萌发最适温度为10℃～12℃，最低0℃，最高32℃；病菌对高温的抵抗能力很弱，夏孢子在36℃下经2d即失去活力，且在高温条件下，空气湿度越大，死亡越快。此外，高温下形成的夏孢子萌发率低，如25℃以上形成的夏孢子，在蒸馏水中需6～8h才萌发，且萌发率不超过30%，而在20℃以下形成的夏孢子，4h后即可萌发，萌发率高达80%以上。
条锈病菌有明显的生理分化现象，全世界已鉴定并命名了近100个条锈病菌的生理小种。由于各国生产上所使用主栽品种不同，且不断更换，因而国外的鉴别寄主及国际统一鉴别寄主并不适用于我国。我国经过多年研究，选定了一套适合于我国实际情况的鉴别品种，包括Trigo、Ewreka、Fulhenb、保春128、南大2419、阿勃、早洋、阿夫、丹麦l号、尤皮Ⅱ号、丰13号、洛夫林13、抗引655、水源11、中四、洛夫林10、牛朱特等17个品种，已鉴定出32个生理小种，其中条中31号和条中32号为最新发现的生理小种，已经成为许多地区的优势生理小种。
条锈病菌主要寄生于小麦上，有些小种还可侵染大麦和黑麦的某些品种。此外，已发现病菌还有节节麦、山羊草属、鹅观草属、雀麦属、碱草属等14属74种杂草寄主，但这些杂草寄主在小麦条锈病流行中的作用尚待进一步证实。另外，迄今未发现条锈病菌的转主寄主。
