一、在生长中后期球茎及茎生根处易感染根腐病，呈明亮暗褐色烂斑
在植株茎基易发生基腐病，使叶下垂变黄；在叶上还会感染叶斑病，使植株停止生长。鳞茎及鳞片腐烂病，在地下茎呈褐色至黑褐色斑点，逐渐扩大到茎内部，使鳞茎腐烂。还有一种立枯病，病株幼叶出现黄绿或白色斑点，严重叶变为褐色，叶片出现卷曲。
防治：立枯病是一种生理性病害，其它病害均由真菌引起，可用50%多菌灵，每亩1千克进行灌根，或与50%的代森铵100倍液混合使用。注意发病初期应立即拔除病株，并立即防治。
二、百合无症病毒，又称百合病毒或“百合曲条病毒”
（1）症状：一般情况无症状，或叶上产生轻度斑晕，皱曲条纹。容易形成复合感染，为与CMV复合感染时产生坏死斑点，与郁金香碎色病毒复方感染时产生褐色坏斑或条斑。
（2）分布：我国江南、江北各地均有发生，尤以厦门为严重。
（3）病原：病毒质粒为线条状，长而稍带弯曲，长度为650nm，直径为18nm。汁液传播和蚜虫传播。麝香百合作为诊断寄主。市场上出售的百合鳞茎中普遍带毒。
（4）防治：选择无病毒鳞茎作为种源。加强防治蚜虫工作。百合无症病毒也能为害郁金香，因此这两种花卉不能混种、套种或连作。
百合的种子寿命极短，贮存半年后就会失去发芽力，且播种实生苗需培养多年才能开花。因此都采用扦插繁殖，吧老鳞茎的鳞片分掰下来，每个鳞片的茎部应带有一小部分茎基盘，埋入纯净的细沙或泥浆中，让鳞片的上半部分露出土面，放在室内或荫棚内养护，3个月到4个月后可长出1枚至2枚小鳞茎，将它们分掰下来栽入苗床继续培养，春季上盆，栽培3年以后就能开花。
百合种球采挖后，为实现周年开花，必须进行低温处理和贮藏。先在15摄氏度下，保持4天到5天，然后将温度降至9摄氏度，保持3周，再降低至0摄氏度到5摄氏度保持8周，即完成低温春化处理阶段，可进入-2摄氏度的长期贮藏。但在贮藏之前须进行分级清洗、消毒、包装等。采挖后把大小种球分开。对已经发芽或长新根的小种球，可立即栽培；对已长新根的大种球进行低温贮藏。
