烟草苗期病害主要有炭疽病、猝倒病、立枯病等。炭疽病在各烟区苗期发生最为普遍；猝倒病在我国南方烟区发生较重，北方烟区也有发生，由于目前集约化育苗方式的普及，该病危害呈现上升趋势；立枯病在我国各烟区零星发生，个别管理不善的苗床发生较重；另外烟草花叶病在苗期发生也比较普遍，由于苗期一般不显现症状，所以很难观察到。其他零星发生危害的还有黑胫病、根黑腐病、白粉病、根结线虫病、野火病等。苗期害虫主要有地下害虫（蝼蛄、地老虎、金针虫、蛴螬等）和蚜虫等。虽然目前苗床土多采用药剂熏蒸，地下害虫危害不大。不过近年来蚜虫、斑潜蝇迁飞到苗床的数量越来越多，造成较大危害，应当重视苗期这两种害虫的防治。
一、确保苗期卫生不可用污水育苗。管理人员操作前要用肥皂水洗手。每次剪叶前一天要喷施防病毒剂，剪叶、剪根的工具要用肥皂水或病毒抑制剂消毒。管理人员严禁在操作中吸烟。及时清除苗床周围作物植株残体和杂草，减少病虫害的滋生蔓延场所。
二、重视苗期管理烟苗三叶期前少浇水，尤其在阴雨、低温情况下更需控制苗床湿度，注意排水。湿度过大可撒干细土吸湿，加强苗床的通风排湿。膜下或棚内要保温、防寒和防高温。注意通风降温，一般膜下或棚内温度达到35℃并有继续上升的趋势时，烟苗易受伤害，应及时揭膜，控制温度。可采用断水、揭膜和掐叶等措施进行炼苗。移栽前7天，苗床不浇水，白天把塑料薄膜揭去，晚上盖好，移栽前5天，不再盖塑料薄膜。整个苗期掐叶或剪叶2～3次。
三、苗期蚜虫及斑潜蝇的隔离育苗棚的门窗和周围通风口用40目尼龙网覆盖，以隔虫、防虫，普通苗床可采用40目拱架防虫网进行覆盖。这样不仅彻底防止了苗期蚜虫及斑潜蝇的危害，而且大大降低了烟苗感染病毒的机率。
四、药剂保护要经常喷药防治苗床周围大棚和露地蔬菜上的蚜虫，尤其是在通风排湿前，以减少进入苗床的蚜虫数量，可用10％的吡虫啉3000倍液或50％的抗蚜威粉剂3000倍液进行喷施防治。发现苗期炭疽病，可喷施50％的退菌特可湿性粉剂500倍液，每7～10天1次；立枯病可用70％的甲基托布津可湿性粉剂1000倍液进行喷施防治，每7～10天1次，连喷2～3次；猝倒病可用25％的甲霜灵或58％的雷多米尔锰锌500倍液喷施2～3次；喷药的同时要及时剔除病苗。对于黑胫病发生较重的地方或较感病品种，移栽前2天用25％的甲霜灵成58％的雷多米尔锰锌500倍液浇灌1次。苗期还应重视喷施抗病毒剂预防病毒，苗期喷施1～2次，移栽前1天喷施1次，以防止病毒在移栽时通过接触传染。目前烟草生产上推广应用的抗病毒剂种类较多，如金叶宝、菌克毒克、病毒必克、植物生理平衡剂、植病灵等，效果都较好，可根据当地实际情况选用。
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