近年来，冬种甜玉米已在山区连片种植，但病虫害严重威胁着甜玉米的生产，成为甜玉米增产的一大障碍。甜玉米的冬植为部分害虫提供了丰富的食料，成为害虫主要越冬繁殖场所，同时也为部分病原物提供了有利条件，病害得以扩展蔓延。此外，冬种甜玉米受到前期干旱后期阴雨的气候影响，常招致病虫害的严重发生。
一、地老虎 地老虎是冬种甜玉米苗期的害虫，主要有大地老虎、小地老虎、黄地老虎。此类害虫为害甜玉米的小叶或嫩叶，甚至咬断幼苗基部幼茎，造成缺苗断垄，严重影响全苗。防治措施：①人工捕捉。于清晨在甜玉米断苗的周围或沿着残留在洞口的被害株，将土扒开捕捉幼虫。②毒饵诱杀。亩用90％敌百虫晶体50克，温水溶解成250毫升药液，与炒香的花生麸拌和均匀，傍晚撒于玉米周围。
二、台湾螟、大螟 危害甜玉米的螟虫以大螟、台湾螟为主。幼虫蛀食心叶，影响光合作用，阻碍生长，蛀食茎杆，易风折；蛀食雌雄穗，降低受粉率，还直接蛀食籽粒。防治措施：在大喇叭口期施药。药剂可选用３％米乐尔颗粒剂（亩用1公斤）或98％巴丹可湿性粉剂（亩用50克）或90％敌百虫晶体（亩用150克，用温水溶解稀释）混细沙点心叶撒施。
三、玉米蚜 玉米蚜主要在冬种甜玉米的抽雄期发生，主要为害雄花，影响授粉。蚜虫个体小，繁殖快，因而不能麻痹。防治措施：可用吡虫啉3000倍或敌蚜螟1500倍液喷雾。
四、玉米大斑病、小斑病 大斑病和小斑病是冬种甜玉米普遍发生的两种病害。发生严重时，能使叶片枯死，造成减产。主要为害叶片，也可侵染叶鞘和苞叶。两种病害在孕穗、抽穗期易流行，低洼地，过于密植荫蔽地、连作地，往往发病重。防治措施：①摘除植株下部黄叶、病叶，减少再次侵染的菌源，以利通风透光。②喷洒杀菌剂，药剂可选用：25％必扑尔乳油2500倍或50％多菌灵乳油500倍或65％代森锌可湿性粉剂1000倍。
五、纹枯病 纹枯病是冬种甜玉米较严重的一种病害。最初在地面的１―２节叶鞘发病，主要为害乳熟期的苞叶、果穗、籽粒。土壤粘重、偏施氮肥、地势低洼及植株郁闭、不通风、透光差的地块都有利发病。防治措施：①改进栽培管理技术。注意清沟排水，施用腐熟有机肥。氮肥施用宜早不宜迟，宜少不宜多，适当增施钾肥，提高植株抗病力。②药剂防治。可选用25％必扑尔乳油3000倍或70％甲基托布津可湿性粉剂800倍或40％科达宁悬浮剂500倍喷雾。
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