1. 防治根癌病应从育苗抓起
选择无病菌土壤作苗圃；已发生过根癌病的土壤，前茬为蔬菜、林地和林业苗圃（尤其是杨树苗的），不可作为育苗基地。
用毛桃种子育苗，应将毛桃核用抗根癌菌剂1号1倍液浸拌种，然后再种到育苗地中。浸种后的种子不可日光暴晒，不要等晾干后再播种，以防菌剂失效。
2. 高位芽接
嫁接苗木宜采用高位芽接法，避免伤口接触土壤，减少染病机会。嫁接工具在使用前须用75%酒精消毒，防止人为传播病菌。
3. 改良土壤
碱性土壤的果园，适当施用酸性肥料、有机肥和果树专用复合肥，以改变土壤酸碱度，创造病菌非最佳适生条件。碳铵、硫铵、尿素等氮素肥料应轮用，防止一年多次或连年使用碳铵。
4. 防治地下害虫
地下害虫（蛴螬、蝼蛄等）的危害，造成果树根部伤口，可增加发病机会。及时防治地下害虫，可有效减少发病机会，降低病株率。
5. 改革耕作方式
变果园土壤清耕为果园覆盖有机物，减少因耕作对根系的伤害。宜在树冠投影外围施肥，以减少伤根，尤其是尽量减少对较粗根的伤害，减少病菌侵染机会。
6. 改变浇水方式
改大水漫灌、串灌为一树一畦的单株灌溉，有条件的果园可采用滴灌，以阻止病菌借灌溉水传播。
7. 轮作
有土地条件时，果园更新后可轮作小麦、玉米等单子叶作物。根癌病病菌可侵染600多种植物，但以双子叶植物为主，有部分裸子植物、单子叶植物可为其寄主，但较少。种植小麦、玉米等单子叶植物7年以上，再种植桃树，可减少根癌病的发生。
8. 客土栽植
对于重茬地，定植穴内应换生土。林地、菜地和其他果园的土壤，均有可能带有根癌病病菌，换生土时不宜选用。换土应选长期种植小麦、玉米等单子叶作物的土壤。
9. 加强苗木检疫
严禁从根癌病发生区调苗，对本地所育苗木，也应进行认真的产地检疫，发现带瘤苗木，立即销毁。严禁栽植带瘤苗木，防止根癌病扩散蔓延。
10. 新栽植苗木用抗根癌菌剂1号蘸根
抗根癌菌剂1号是一种放射土壤杆菌，它能在果树苗木上定植，对桃、杏、樱桃等核果类果树及近缘植物实行免疫，保护伤口，从而预防根癌病的发生。
使用方法：将抗根癌菌剂1号对水1倍，放于磁盆或塑料盆中，调匀成糊状，将齐根后的桃苗浸入菌剂液中，超过根颈上部5厘米，苗木在菌剂中浸泡后，即可拿出栽植，随蘸随栽。
使用注意事项：抗根癌菌剂1号是一种有益菌，应防止日晒，苗木沾根后，立即栽植、覆土，防止苗木上的菌液干燥；菌剂避免与强酸、强碱及重金属接触。
11. 病树的治疗
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