天麻生长期要防止霉菌的感染。一旦在土层上或箱上有绿霉菌、赤霉菌等杂菌感染时，可轻轻喷一层波尔多液（硫酸铜、生石灰、水按1∶1∶140的比例，将1份硫酸铜和1份生石砂分别用水溶解，将硫酸铜水溶液倒入石灰乳中，搅拌均匀，加水至140份），或者轻轻喷一些0.1%浓度的甲基托布津溶液，霉菌即可被杀死或被抑制。
要防止线虫感染培养料。线虫吃培养料非常严重，最后可使培养料变黑，影响蜜环菌和天麻的正常生长。防治办法是尽量不用自然水喷天麻的培养料。还要在坑内或坑边撒鼠药消灭老鼠，同时采取措施防治蚂蚁、蝼蛄。
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