1、木霉：木霉在4℃~42℃内都能生长，孢于萌发后喜高湿环境。侵害香菇培养基时，初期为白色棉絮状，后期变为绿色。菌种如果被木霉危害，必须报废。一旦发生木霉，要立即通风降湿，以抑制木霉菌的扩展。处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张。常用的药物有5%的石碳酸、2%的甲醛、1:200倍50%的多菌灵、75%的甲基托市津、PH值为10的石灰水。此外，在污染处撒石灰面，防治的效果很好。
2、链孢霉：链孢霉生长初期呈绒毛状，为白色或灰色，生长后期呈粉红色或黄色。链孢霉主要以分生孢子传播，是高温季节发生的重要杂菌。链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性。防治链孢霉，应避免在高温季节生产。在香菇发菌阶段温度最好控制在20℃以下，这样链孢霉生长缓慢，可减少污染。发菌场所潮湿也有助于链孢霉的发生，控制好发菌场所的湿度就可以有效地防止链孢霉的发生。如果出现链孢霉，可在分生孢子团上滴上柴油，以防止链孢霉的扩散。菌袋发菌后期发生链孢霉时，可将受害菌袋埋入30～40厘米深、透气性差的土壤中，经10~20天缺氧处理后，可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。
3、毛霉：又叫黑霉、长毛霉，菌丝生长初期为白色，后为灰白色或黑色。在温度较高、湿度较大、通风不良的条件下发生率高。其生长速度明显高于香菇菌丝，毛霉菌丝体每日可延伸3厘米左右。毛霉在香菇菌丝体培养期间浸染时，蔓延速度快，数日内便能布满基质，而受害的香菇菌丝则生长缓慢，尽管最终仍能伸达基质各处，但香菇菌丝不会呈正常的浓白色，而是呈灰黄色。防治方法：可采用注射药液的方法抑制毛霉扩张。常用的药物有5%的石碳酸、2%的甲醛、1:200倍50%的多菌灵、75%的甲基托市津、PH值为10的石灰水。
4、螨类：螨类包括红蜘蛛、菌虱。螨类在香菇生产的各个阶段均可发生，主要危害香菇的菌丝体及子实体。对发生螨害的培菌室，在重新使用前应用敌敌畏等药物熏蒸杀螨。菌丝体在培养期间可喷洒1000倍液的三氯杀螨醇或500倍液的克螨特。子实体在培育期间不宜用药，否则菇体易产生药害，食用后会危害人体健康。
