马蹄莲的病害主要有病毒病、软腐病、叶斑病等。以病毒病和软腐病为害较重。
1.病毒病
（1）症状特征：典型花叶往往是较后期的症状，叶片或绿色的茎出现各种类型的褪绿或变色，在绿色中形成淡绿或淡黄、深黄的斑区或条纹。花叶之前，常可见叶脉变色，即沿着叶脉变成淡绿或黄色，变色区宽度大致相等，像叶脉镶了边；或脉明，即叶片局部叶脉呈半透明，而代之以花叶。还有一种较轻的斑驳，叶片或绿色茎上出现浓淡不匀的近圆形斑区，其中小的斑区似点状，大的为明显的圆形褪绿斑。叶片缩小扭曲畸形，小花梗上出现白点，花蕾上也出现斑点，花朵畸形，严重影响花的产量和质量。
（2）防治方法
①及时拔除病株，集中烧毁。清除田间杂草，避免和严重发生相同病毒植物混种或临近种植。
②防治害虫。控制传播途径，比如及时防治桃蚜、蓟马等。
③做好检疫工作。阻止外国或外地病毒侵入。
④选择无病种苗。采用茎尖组织培养法获得无毒种苗。
⑤药剂防治。发病初期，喷施10％混合脂肪酸水乳剂100倍液或24％混脂酸铜水剂700～800倍液、2％宁南霉素水剂500倍液、0.5％菇类蛋白多糖水剂300倍液、20％吗啉胍.乙铜（病毒A）可湿性粉剂500倍液。
2.软腐病
（1）症状特征：接近地面的马蹄莲茎基发生软腐脱离，上部植株叶片枯萎，肉质块根部发生黏滑软腐，根随之腐烂，植株枯萎死亡。花梗侵害脱落，花变褐色。
（2）防治方法
①块茎种植深度不要超过5厘米，避免浇水过多。
②发现病株，及时拔除并烧毁。在病株周围用40％甲醛40倍液进行土壤消毒。
③采收时，清除病块茎。用40％甲醛55倍液浸泡1小时，晾干存放。
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