菌核病是茎用莴苣普遍发生和危害较重的病害，主要侵染茎基部，染病部位出现不定形、湿润状退色的病斑，迅速扩大，颜色变污褐色，病部变软逐渐腐烂，严重时整株萎蔫枯死。湿度大时病部表面先长出白色棉絮状菌丝，后集结成团转灰褐色至黑色，硬度加大，不定形似鼠粪贴附在病部表面称为菌核。
此病是由一种称为核盘菌的真菌侵染引起的，此菌寄主很多，除莴苣外，十字花科、茄科、豆科以至瓜类、胡萝卜等多种蔬菜都可受害。鼠粪状菌核是该菌的重要器官，它萌发时长出多个有柄的漏斗状的子囊盘，其上长有成排的子囊和子囊孢子。
病菌主要以菌核随病残体或在土壤中越冬，菌核在干燥土中寿命可长达3年以上，潮湿土中可活1年，若被水浸很快失去活力。春季遇温湿度条件适宜时，菌核即萌发放射子囊孢子，随气流或风雨传播，从植株衰老组织或伤口侵入，菌丝在组织内寄生并分泌水解酶使寄主细胞崩解而组织软腐。病部长出的菌丝也能通过接触侵染邻近植株。平均温度20摄氏度左右，相对湿度大于85%利于发病。连作地、菜田地势低、种植过密、偏施重施氮肥等发病都较重。
防治莴苣菌核病可采取以下措施：
1. 选用无病种子。从无病株留种，若种子混有菌核，可用过筛法或10%食盐水浸种汰除，清水洗净后播种。2. 加强耕作管理。与水稻轮作可减少大量菌源；播前清园，翻晒土壤，提高和整平畦面以利灌排；勤除杂草，及时清除病、残、老叶以利通风降湿；发现病株立即拔除撒少量石灰。勿偏施重施速效氮肥，适当增施磷钾肥。3. 药剂防治。发病初期可选下列药剂喷施：（1）50%速克灵可湿性粉剂1500倍液；（2）40%纹枯利可湿性粉剂1000倍液；（3）40%菌核净可湿性粉剂1000倍液；（4）50%多菌灵可湿性粉剂600-800倍液；（5）70%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液；（6）50%扑海因可湿性粉剂1000-1500倍液。隔7-10天喷一次，连续喷2-3次。
