棉苗病害主要有根病和叶病两大类。
根病类发生在子叶期至２片真叶期，由于根茎过于幼嫩抗病能力弱，易遭受病菌侵染而腐烂，通常称作烂根。最常见的有３种：Ａ、立枯病。病功嫩茎靠近地面处出现淡黄色病斑，再后病斑围绕嫩茎，形成黑褐色、腐烂，开成病、弱苗乃至枯死。Ｂ、炭疽病。病苗在根茎交界处出现红褐色形条斑，组织硬化、凹陷、开裂，严重时病部变黑，称之为黑根病，湿度大时病斑上有红色黏稠胶状物，幼苗枯，乃至死亡。Ｃ、红腐病。又叫烂根病，芽苗出土前就开始发病，棉虽已发芽，但幼芽变为黄褐色，腐烂死亡。子叶期发病，根尖同黄变褐，而后根全部变为黄褐色，嫩茎和根变肥、肿大，有分段的黄褐色病斑，后变黑褐色、干腐乃至死亡。
叶病类发生在棉苗的子叶或真叶上。方要有以下４种：Ａ、黑斑病。由几种病原菌混合为害引起，主要发生在１片－２片真叶期。病苗子叶上出现很多黑色病斑，引起子叶枯焦，叶柄上出现黄褐色病斑，围绕叶柄发展，开成环切斑，致使叶片脱落。黑斑病的病斑由紫红色侵染点发展引起，病斑周围有紫红色反应圈，病斑近圆形或不规则形。Ｂ、茎枯病。从棉苗后期到成株期均能发生，为害叶片和嫩梢。叶片上病斑呈淡褐色，近圆形，边缘紫红色，斑内可见一些小黑点（病斑的孢子器）。嫩梢上及叶柄上为褐色梭形，可引起嫩梢枯死，叶柄及叶片凋。Ｃ、角斑病。是细菌性病害，发生在子叶、真叶及嫩茎上，病斑最初呈水渍状，后变黑褐色。在真叶上，因受叶脉限制而呈多角形，有时病斑沿叶脉发展呈长条弯曲状。子叶上病斑沿叶柄发展可侵染到子叶节。嫩茎上的病斑呈黑绿色，发展成黑褐色条。Ｄ、苗期枯萎病。从子叶期即可发生，定苗前后达到高峰。病苗叶片上出现褪色斑，斑内的微细叶脉变黄，呈黄色网状纹，也有子叶变紫红色，出现紫色网状纹。病苗根茎外表无症状，但茎内的木质部呈褐色条纹，最后病苗萎蔫枯死。综上所述，棉花苗病是多种病原菌的复合侵染性病害，有时从症状上很难区别，只有分离期病原菌才能确诊。棉花苗病的防治，首先要立足于防，若等棉苗得病后再治，一方面被动，再之，现有技术措施的治疗效果很差。
防止棉苗病害发生的措施是根据病害的传播途径和侵染特点而制定的，通过培育壮苗早发、消灭种子上和土壤中的病原达到杜绝和控制病害发生的目的。培育壮苗早发，首先要精选种子，播前在阳光下晒晾种子。其次要适期播种。当5厘米地温稳定通过140C时,足墒播种。再次播后遇雨要及时中耕破除板结，以利于晴于后增温保墒，并尽量减少种子在土中的萌芽时间，促使根部早日木质化，减少感病机会。消灭种子带菌，通常采用“三开一凉“温水（550C-60OC)浸种0.5小时的办法。用杀菌剂拌种，不仅可消灭种子表面的病菌，也可消灭种子周围土壤中的病菌。常用的杀菌剂有70%五氯硝基苯，50%多菌录灵， 70%代森锰锌，70%托布津以及20%甲基立枯磷等，一般按有效成分计算，用干种子量的0.5%左右与温水浸过的棉籽（晾至绒毛微白后）匀拌咱即可。市场上有一些经国家主管部门批准的供处理种子用的复配剂，多为上述杀菌剂之间或加上杀虫剂、生长调节剂之类的两种或数种单剂的混合物，如种衣剂、保苗剂、拌咱剂等，均有较好的防效。出苗后，叶部病害发生时，也可喷洒50%多菌灵800倍液，或喷洒70%甲基托布津1000倍液。
上述杀菌剂无论用于拌种、浸种还是喷洒时均可与杀虫剂混合使用，以便病虫兼治。
