绿色食品生产应从作物一病虫草等整个生态系统出发，综合运用各种防治措施,创造不利于病虫草害孳生和有利于各类天敌繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。
优先采用农业措施，通过选用抗病虫品种，非化学药剂种子处理，培育壮苗，加强栽培管理，中耕除草，秋季深翻晒土，清洁田园，轮作倒茬、间作套种等一系列措施起到防治病虫草害的作用。应尽量利用灯光、色彩诱杀害虫，机械捕捉害虫，机械和人工除草等措施，防治病虫草害。
特殊情况下，必须使用农药时，应遵守生产AA级和A级绿色食品的农药使用准则。
生产AA级绿色食品的农药使用准则：允许使用AA级绿色食品生产资料农药类产品；允许使用中等毒性以下植物源杀虫剂、杀菌剂、拒避剂和增效剂，允许使用释放寄生性捕食性天敌动物；在害虫捕捉器中使用昆虫信息素及植物源引诱剂；使用矿物油和植物油制剂；使用矿物源农药中的硫制剂、铜制剂;允许有限度地使用活体微生物农药。
禁止使用有机合成的化学杀虫剂、杀螨剂、杀菌剂、杀线虫剂、除草剂和植物生长调节剂；禁止使用生物源、矿物源农药中混配有机合成农药的各种制剂；严禁使用基因工程品种(产品)及制剂。
生产A级绿色食品的农药使用准则：允许使用AA级和A绿色食品生产资料农药类产品；允许使用中等毒性以下植物源农药、动物源农药和微生物源农药；在矿物源农药中允许使用硫制剂、铜制剂；有限度地使用部分低毒农药和中等毒性有机合成农药，但要按国标要求执行具体操作。
严禁使用剧毒、高毒、高残留或具有三致毒性(致癌、致畸、致突变)的农药；每种有机合成农药(含A级绿色食品生产资料农药类的有机合成产品)在一种作物的生长期内只允许使用一次；严格按照国家标准的最高残留限量(MRL)要求；严禁使用高毒高残留农药防治贮藏期病虫害；严禁使用基因工程品种(产品)及制剂。
