微生物肥料是指含有活性微生物的特定制品。将它应用到农业生产中，能够获得特定的肥料供应。他和微肥有本质的区别，前者是活的生命，后者是矿质元素。
微生物肥料可以概括为三大类，一类是通过微生物的生命活动，增加职务营养元素的供应量，导致职务营养状况的改善。微生物肥料在土壤中和有害微生物相互拮抗，还能产生抗病、防病、乃至治虫的作用，用量多在每亩2公斤左右。这一类有代表性的产品有根瘤菌、固氮菌、解磷菌和硅酸盐菌（钾菌）。另一类是微生物的代谢物质，如氨基酸、黄植酸等，将它和矿质微量元素加以配合，制成液态或固态的产品，达到刺激作物圣战和抗御病虫害的作用。每亩地用量100克左右。再一类是借助微生物腐解有机质的功能，例如发酵或酵素菌，加速农家肥或秸秆的腐烂，达到增加土壤腐殖质的作用。这一类多加入等量的化学肥料，以保证作物对营养的需求。市场上叫多元有机肥。比如“EM有益菌群。
微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。但以拌种最为简便经济、有效。其拌种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状或液体菌剂加清水稀释，然后与中子充分搅拌，稍晾干后播种，并立即覆土。有的菌肥也可以和化肥同时拌用作底肥。
微生物肥料是生物活性肥料，因此有特定的施用要求。一是避免开袋后长期不用。开袋后长期不用，其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。二是避免在高温干旱条件下使用。在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。应选择阴天或晴天的傍晚使用这类肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。三是避免与未腐熟的农家肥混用。这类肥料与未腐熟的有机肥堆沤或混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。四是避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。若需要使用农药，也应将使用时间错开。不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具拌微生物肥料。
