冬季在大棚或春季在大田调查蔬菜生产时，常见到有的辣椒前期生长良好，并结有一批辣椒，却突然出现萎蔫；有的辣椒生长缓慢，僵而不发；还有的落花落果严重，这些现象就是常说的生理障碍，是由综合因素引起的，但主要是由肥水管理失误造成的。
在肥料方面，一是大棚辣椒定植之前，施用了过多的氮素肥料，氮素的分解使土壤酸化。尿素过量易分解产生二氧化碳，当二氧化碳浓度达2毫克／升时，辣椒即会遭受危害；二是施用过量的生物有机复合肥，有的农户每亩施用氮、磷、钾含量为25%的生物有机复合肥在100公斤以上，土壤溶液浓度过大，极会发生反渗透现象，烧根后引起辣椒叶片蔫萎；三是施用了尚未充分腐熟的有机肥料，也易产生有毒气体；四是追施高浓度的粪水，也会导致辣椒烧根，轻者落花落果，重者全株枯死；五是土壤缺乏某些营养元素，使辣椒缺绿、失绿及植株营养器官畸形；六是整体营养状况较差时多形成中柱花，营养差时多形成短柱花，不能自花授粉而落花。
在水分方面，一是阴雨天栽苗，土温低、土壤板结，辣椒幼苗容易僵老；二是当土壤水分不足，空气干燥，易使辣椒叶柄弯曲，叶片下垂；三是平畦栽培，雨后渍水难排，土壤通气不良，根系进行无氧吸收，有毒物质积累过多，天气乍晴辣椒大片死苗；四是辣椒生果之前灌水，一会降低土温，二会造成陡长，三会推迟挂果时间，四会降低产量。
因此，为了促进辣椒稳健生长，多坐果，少脱落，必须合理运筹肥水管理，提高科学用肥管水水平。
一是抢晴栽苗。农谚说：“宁可一日迟，不可一日湿。”意思就是要抢晴天移栽辣椒苗，可避免土壤板结、僵苗，有利于根土吻合，缩短缓苗期，快速恢复生长。同时，移栽大田要做到厢窄沟深，或者高畦栽培，以利于排水。
二是适期浇水。除移栽定苗时浇足辣椒定根水外，幼苗返青至开花前一般不再浇水。连续干旱时只需轻度浇水。当幼果3厘米左右长时，如遇干旱，方可沟灌，进行湿润管理，切忌大水漫灌，以防倒苗。
三是合理配施肥料。辣椒对肥料十分敏感，既喜肥又怕肥。所以，施肥时，不能一次施太多，但养分要全。缺乏某些元素易导致异形果，而某种元素过多会使辣椒植株生理失衡而中毒，或元素间产生颉颃作用，削弱根系的吸收功能。因此，一要做到有机肥与无机肥相配合，有机肥一定要充分腐熟。提倡施用生物有机复合肥，或高能复合肥。二要因土因苗酌情施用氮肥，特别是不能施用过量的尿素。三要既施氮、磷、钾等大量元素，也要配施钙、镁、铁、硼、锌、钼等中量及微量元素，防止出现失绿、缺绿或异形果。四要避过高温用腐熟的低浓度的清水粪追肥。进入结果期，可视苗情，每隔10~15天，施用清水粪或复合肥追肥提苗。
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