一是认识上的误区。测土配方施肥不同于一般的“项目”或“工程”，是一项长期的、基础的工作，是直接关系到粮食稳定增产、农民收入稳步增加、生态环境不断改善的一项日常性工作。
测土配方施肥不仅仅是一项简单的技术工作，只有社会各个环节都积极参与，各司其职，各尽其能，才能真正推进工作的发展。农业技术推广体系要负责测土、配方、施肥指导等环节，建立技术推广平台；测土配肥试验站、肥料生产企业、肥料销售商等搞好配方肥料生产和供应服务，建立良好的生产和营销机制；科研教学单位要重点解决限制性技术或难题，不断提升和完善测土配方施肥技术。
二是测土与肥料田间试验关系的误区。测土配方施肥不只是通过化验室分析结果，开个“方子”就可以“抓药”的简单过程。不同作物的肥料田间试验是了解肥料施用效果、作物生长状况和养分吸收过程及结果最直接、最有效的方法，是开展测土配方施肥工作的基础，是制定作物施肥方案和建议的首要依据，是建立作物施肥分区的前提，必须引起高度重视。
三是土壤养分速测的误区。土壤养分速测仪在野外操作，测试结果是个相对值，必须要有相配套的肥料田间小区试验，建立施肥推荐指标体系，目前大多数土壤养分速测仪尚未建立完善的推荐施肥指标。当只有一两个土样时，土壤养分速测仪才能体现“快速”；相反，当样品数量达到一定批量后(3个以上时)，与化验室的常规测试相比“速测”就成“慢测”了。因此，在大面积开展测土配方施肥时，常规土壤养分测试是了解土壤养分最佳、最有效的手段。
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