在棚室中生产蔬菜，因人为地创造了增温保温条件，可避免灾害性天气，使蔬菜早熟高产。但棚室菜地施肥量大，封闭严，光照较弱，蔬菜体内硝酸盐还原酶活性低，容易积累硝酸盐。因此，为了降低棚菜中硝酸盐的含量，在冬春施肥时应注意以下问题。
一、增施有机肥料
最好是施用纤维素含量较多的有机肥，可大大增强土壤的养分缓冲能力，防止盐类积聚，延缓土壤盐渍化进程，但有机肥必须腐熟，防止将病菌和虫卵传给蔬菜。另外，如有机肥在棚室中再腐熟，会产生氨气，“烧伤”菜苗。
二、禁止施用硝态氮肥
硝态氮肥包括硝酸铵、硝酸钾以及含硝态氮的复混肥。施用这些肥料后容易使蔬菜中积累硝酸盐。另外，在棚室内还不宜施用含氯的化肥如氯化钾、氯化铵等。这是因为氯离子能降低蔬菜中淀粉和糖的含量，降低蔬菜品质，并且在土壤中氯离子含量过高时，还极易使土壤缺钙而板结。硫酸镁、硫酸铵等肥料也不宜在棚室内大量施用，因为这些肥料施入土壤中会分解出硫酸根离子，这种离子不会被蔬菜吸收，当它过多积累时会危害蔬菜生长。禁止施用碳铵，因碳铵易挥发大量氨气，对棚室蔬菜造成氨害。
三、控制氮肥施用量
棚室蔬菜施用氮肥，有利于蔬菜生长，但不能过量。一般以每亩10—12公斤纯氮为宜。氮肥要深施并宜与磷钾肥配合施用，或施用三元复合肥，施后及时盖土。最好采用化肥插管施或结合膜下滴灌施入根部，减少流失。但应在收获前20天停止追肥。大棚由于密闭程度较好，撒施或浅层施肥，极易使肥料挥发，既降低肥效又易产生氨气危害。追肥时一定要穴施或条施，深度宜为5—6厘米。
四、实施配方施肥
不同的蔬菜品种需肥最多的时期也不相同。如番茄在移栽后30—52天，辣椒在移栽后30—60天，黄瓜在移栽后75天左右。除此之外，每种蔬菜对氮磷钾3种元素的需求，均有一个适宜的比例，如黄瓜为1∶0.67∶1.83，番茄为1∶0.38∶1.75，甜椒为1∶0.38∶1。蔬菜对微量元素需求虽说极少，但不可缺少。使用微肥叶面喷施时应掌握好浓度和标准。如硫酸亚铁为0.1—0.3％、硫酸锌为0.05—0.2％、硼砂0.3—0.5％，硫酸铜为0.02—0.04％。注意叶菜类最好不要叶面喷肥，以免增加硝酸盐含量。一般蔬菜需大量的氮和钾，需磷较少，不宜多施磷酸二铵。在开花前后需钾最多，以后逐渐减少。
