水稻有机栽培具有改良土壤理化性质、维护水资源、环境保护、废弃物再利用及适应大众消费需求等多重意义，所以水稻有机栽培有其需要与必要性，然而有机栽培是属于高技术栽培，着重于栽培技术的认识，现将目前应用于水稻有机栽培可行的技术，分述如下，作为栽培参考。
1.有机米的含义：
凡在各区农业改良场规划完成的优质米适栽区内，种植改良场推荐的优质米品种，在栽培过程中不使用化学肥料、农药及生长调节剂等，且依照优质米栽培方法及干燥、碾制技术，所生产为纯的有机米。
2.品种选择：
水稻有机栽培依规定必须使用优质米品种。如台湾的台梗9号具有食味特优及耐贮存等优点，台中10号具有高产及食味优良等特点，均适合有机栽培，但是台梗9号较不抗稻热病及胡麻叶枯病，台中10号较不抗白叶枯病及二化螟虫，因此栽培时应特别注意病虫害的预防。
3.整地作业：
整地应力求平整，有利于灌排水处理，并可利用淹水防治杂草发生，整地平整亦可确保秧苗成活率，避免造成补植时成本浪费。
4.有机质肥料施用技术：
有机质肥料如果能够自行制造，是最符合经济成本，然而实际执行却不太容易。比较市场售价的有机质肥料，以菜籽粕、花生粕等高含氮量的植物性有机质肥料，较符合经济成本。菜籽粕是中部地区水稻有机栽培使用的主要有机质肥料，其氮：磷酐：氯化钾的比率为5.3：2.3：1.3。菜籽粕是未经腐熟的有机质肥料，因此其施用量及施用适期应特别注意。菜籽粕应用在水稻栽培，其推荐量每公顷为4,000公斤，1/2当基肥使用，约于整地前10天施用，不但可以避免插秧后，因菜籽粕发酵产生的高温对水稻生长产生危害，并可适时及适量提供水稻生长所须的营养元素；1/4作为追肥，适时适量补充水稻营养生长期间肥分的吸收，此时水稻的根系及地上部已经生长非常旺盛，不惧菜籽粕发酵产生的高温危害；1/4作为穗肥使用，一般的水稻栽培，穗肥在幼穗形成约0.2公分时施用最为适当，但施用有机质肥料因需要时间进行矿化作用，才能释放出营养成分，因此建议一期作约在幼穗形成前约8~10天，二期作约在幼穗形成前约6~8天施用最为适当。有机质肥料应避免在幼穗形成期后再施用，以免在因谷粒充实期间，有过量的氮素供应，不仅使稻株容易倒伏，亦会提高谷粒中的粗蛋白质含量，不利于稻米品质的提升。
5.福寿螺防除技术：
福寿螺又名金宝螺，是目前水稻生育初期的主要害虫，遍布于任何有水的地方，繁殖力非常旺盛，其危害特征是将刚插秧后的水稻嫩株，从茎杆基部剪断。如果水稻生育初期不加以防治，危害将非常严重，必须进行补植，造成生产成本浪费。目前防治的方法是使用毒性相当强的化学合成农药进行防除，虽然其效果非常好，但是因其具有高毒性，因此建议尽量避免使用。苦茶粕是使用在水稻有机栽培，防除福寿螺效果非常好的植物性废弃物，因其防治福寿螺时，同样土壤中的其它生物如水蛭、蚯蚓等亦会致死，因此施用时不宜过量，每公顷以50~100公斤为原则，水稻插秧后在田埂四周均匀撒布，即可达到防除效果。因苦茶粕防除福寿螺的效果与化学合成农药的防除效果相同，但其对人体不会构成危害，因此建议水稻栽培农户均能以苦茶粕来防除福寿螺，尽量避免使用高毒性的化学合成药剂。
6.杂草防除技术：
水稻以纯有机栽培，是严禁使用化学合成杀草剂。目前应用在水稻有机栽培的杂草防除技术有三种，(第一种)重复整地法：于插秧前12~15天进行第一次整地，粗耕、细耕及把平同时完成，随即给予深水(5~10公分)灌溉，持续至插秧前三天，再进行第二次整地，即可完全防除杂草。(第二种)稻壳覆盖淹水法：于插秧前力求整地平整，插秧后秧苗挺直时，每公顷覆盖约4吨稻壳，并进行淹水处理，可防除大部分的杂草，再配合人工除草，即可有效防除杂草。(第三种)高温防除法：此法是利用未经腐熟的植物性有机质肥料施用到地面，应用土壤中微生物分解有机质，在湛水情况下土壤中残存氧气，使杂草种子无法获得足够能量发芽的原理，以抑制杂草的发生，但是本项防除法，必须配合高温(例如二期作初期)，才有防治效果，一期作仅能达到初期抑制，长期则无防治效果。
7.病虫害防除技术：
水稻以纯有机栽培，一定会发生病虫害，如何有效降低病虫害发生，则有赖精湛的栽培管理技术。水稻最常发生的病虫害有稻纵卷叶虫、二化螟虫、稻热病、胡麻叶枯病、白叶枯病、纹枯病等。苏力菌对二化螟虫未进入叶鞘或茎内之前及对稻纵卷叶虫，具有良好的防治效果，但是如果二化螟虫已进入叶鞘或茎内，则无防治效果，所以应密切注意二化螟虫发生时期，进行连续性防治。稻热病是在水稻肥份吸收过量及土壤中硅(SiO2)含量太低的情况下发生，一般土壤中硅含量，应维持在15毫克/每1000克土以上，因此如果能够控制有机质肥料施用适中及补充土壤中充足的硅含量，可有效预防稻热病。胡麻叶枯病是在稻株缺肥及土壤中硅含量太低的情况下，较容易发生，因此在水稻生长过程中，应避免水稻过度缺肥，土壤中亦应适量补充硅，则可有效预防胡麻叶枯病。白叶枯病常发生大风过后，因水稻叶磨擦造成伤口，病原菌由伤口进入感染所致，土壤中有充足的硅含量及避免施用过量的氮素，均可有效降低白叶枯病的发生，当白叶枯病发生时，切记避免在清晨露水未干前进入稻田中，以减少人为传染病菌。纹枯病是在高温多湿的情况下，较容易发生，纹枯病发生时应避免田间积水，造成纹枯病发生的适宜条件，水稻亦应尽量宽行栽植，加强通风，长期施用有效微生物在土壤中，可以产生拮抗作用，排除土壤中有害菌，亦可有效降低纹枯病的发生。在以上了解利用优良的田间栽培管理技术，仍然可以有效控制病虫害严重发生。
8.水稻有机栽培问题探索：
有句谚语『一兼二顾，摸蛤蛎兼洗裤』，意思是说做事情能瞻前又顾后，一举两得；但它的原意是指河流非常清澈，鱼虾悠游自在，很多河流中生产大量蛤蛎，农民因生活困苦，常利用农闲时间，带着竹篓至河中捡拾蛤蛎，作为三餐菜食，同时因水深，所穿的大布袋裤必定浸泡在水中，又可以借着水流冲洗裤子。然而随着工商业发达结果，机动车及工业所排放的废气与废水、农业耕作施用大量化学肥料及农药，已对生态环境造成难于弥补的缺憾，原本应该属于自然界的蝴蝶、蜻蜓、蚯蚓、萤火虫等死亡殆尽，使得彩色的天空变成黑白，人类何其残忍。慕然回首细思，最大的受害还是人类，特别是绵延不断的后代子孙。
民以食为天，当今社会已经迈入高标准的今天，很多消费者对于食品，不只要求好吃，更要求安全及健康，因此安全而健康的食品就成为消费者需求的目标，要求绝对不能含有农药残毒的食品。国家规定安全蔬果认证标准，以供消费者购买的认证依据。
9.存在的问题：
问题一、水稻以有机栽培，生产成本过高。
水稻有机栽培简单来讲，就是复古的耕作栽培方式，因此必须花费比一般的化学栽培更多的人力、物力及财力。以有机质肥料代替化学肥料，使用的有机资材不同，同时又因目前堆肥撒布机并不普遍，农民以双手撒布，其辛苦又有多少人可以体会得出。以稻壳覆盖代替杀草剂防除杂草生长，每公顷覆盖稻壳数量为4000公斤，没有任何机械可以协助，完全靠人工来完成。因此如何降低生产成本，栽培管理能够全面机械化等问题，均有待努力克服，以增加农民有机栽培。
问题二、水稻以纯有机栽培，病虫害防治困难。
水稻最常见的病虫害包括有白叶枯病、稻热病、纹枯病、二化螟虫、纵卷叶虫、胡麻叶枯病、褐飞虱等，均可以化学药剂做适当防治，但是水稻纯有机栽培，绝对禁止施用任何化学药剂，目前仅有苏力菌对纵卷叶虫及二化螟虫，稍具防治效果，其它病虫害则无适当的防治方法。由于台风从带来了大量害虫，造成虫害明显的比往年严重，其中又以褐飞虱的危害最为明显，部份地区稻株整株枯死，造成产量上不同程度的损失，对农民的收益有相当的影响，其它病虫害如纹枯病、胡麻叶枯病及白叶枯病等，在水稻纯有机栽培上也普遍发生，因此以目前推广的水稻纯有机栽培而言，以『看天吃饭』四个字来形容最适当。
水稻纯有机栽培，必然发生病虫危害，已经是事实，如果改以准有机栽培，即在栽培过程当中，允许施用适量低毒性化学药剂进行防治，是可以达到适当的防治效果，然而以目前推广纯有机栽培的目的，其中一项是希望能做到生态复育的工作，使天空中能再展现翩翩飞舞的蝴蝶及蜻蜓，萤火虫再照亮寂寞的夜空，施用准有机栽培对生态复育的功效是值得争议，同时消费者对其产品接受的意愿亦有待考察。因此所有农作物应该坚持纯有机栽培，至于病虫害防治技术则由农艺、园艺、病理、生化、昆虫、微生物....等专家，进行有系统的研究，我们相信以拥有众多研究人才的今天，对于各种病虫害，都可以找出适当的防治之道。
