植物杀菌剂在农业生产中，是一种使用较普遍的病害化学防治方法，杀菌剂使用技术要求高于杀虫剂，所以掌握起来难度比较大。因此，在使用杀菌剂时，一定要掌握下面几条原则方可收到良好效果。
1.对症下药。在选择药剂时首先要诊断庄稼发生的病害，知道庄稼发生的是什么主要病害。这样才能做到对症下药。因不同类别的杀菌剂有不同的性质、特点和药理作用，对各种病害的防治效应不同，不是所有杀菌剂对各种病害都有防治作用，并非“万能药”。
2.要知道杀菌剂的作用性质。根据药剂对病害防治的作用来划分，大体分为三类：
保护性杀菌剂：这类杀菌剂能够保护未被病菌侵染的部位，免受病菌侵染，需要在作物没有接触到病源或病害发生之前，喷药才可收到效果，如铜制剂（波尔多液），硫制剂（石硫合剂）等。
铲除性杀菌剂：这类药剂能直接杀死侵入前的病菌和治疗已被侵染的施药部位，常用于消毒，很少直接用于作株上。如用福尔马林消毒带菌种子、高锰酸钾等，粉锈宁对小麦条锈病、白粉病使用方法得当也有铲除作用。
治疗性杀菌剂：也叫内吸性杀菌剂，这类杀菌剂被植物吸收传导后，可阻止植株各个部位的病菌发展蔓延。如多菌灵、甲基托布津、春雷霉素等。
3.不同的农药使用的方法也不同。
种子种苗消毒杀菌类：包括药液浸种、药液闷种、药剂拌种（干拌、湿拌）、种衣剂、药液浸蘸秧苗等等。常用的药剂有拌种双、福美双等。种苗包括种子、块根、块茎、鳞茎、插条、秧苗、苗木及其它用于繁殖的器官。
土壤处理药类。属整体或局部保护，如直接在苗床土壤中施药品种有、福美双、敌克松、等。处理土壤可采用以下方法：浇灌法（用水溶性药液，按每平方米5千克左右的量浇灌）；犁底或犁沟施药；翻混法（将药剂施于土壤表面，然后翻犁土壤，使药剂翻入土表下面）；注射法（用土壤注射器，按一定药量和孔距施入土壤中）等。
叶面喷撒药类；叶面喷撒有多种剂型，如粉剂、微粉剂、可湿性粉剂、乳油、悬浮剂、水剂、烟雾剂等。
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