杀菌剂的使用方法有多种，每种使用方法都是根据病害发生的规律设计的。常见的使用方法主要有：对田间地上作物喷药，土壤消毒和种菌消毒三种。
针对田间作物喷药，影响杀菌剂田间防病效果的因素也不外乎药剂、环境、作物三个方面，但杀菌剂在施用技术上比杀虫剂和除草剂的施用技术要求更高，尤其要充分了解病害的发生和发展规律，因为病害的发生和发展不象虫害和草害那样一目了然。对田间农作物喷药要注意两点：首先是药剂的种类和浓度。药剂种类的选择决定于病害类型，所以先要作出正确的病害类型诊断，然后才能对症下药。如稻瘟病可选稻瘟净、稻瘟灵、三环唑等，小麦白粉病、锈病要选三唑醇、三唑酮等，花生叶斑病要选甲基托布津等。但还应注意的是同样的病若发生在不同的作物上，有时也不能用同一种药剂，如波尔多液可防治霜霉病，但易对白菜产生药害，故不宜防治白菜霜霉病。药剂的种类选择后，还要根据作物种类及生长期、杀菌剂的种类和剂型、环境条件等选择合适的施用浓度。
一般农药使用说明书都有推荐使用浓度，可以按说明使用，但最好还是根据当地植保技术部门在药效试验基础上提出的使用浓度进行施用。干旱或炎热的夏天应当降低使用浓度，避免产生药害。其次，使用杀菌剂时还要注意使用时期和使用次数，掌握好喷药时期的关键是掌握病害发生和发展的规律，做好病害发生的预测预报工作，或根据当地植保部门对作物病害的预测预报做好喷施杀菌剂的准备。一般情况下杀菌剂的喷洒都是在病害发生的初期进行，如稻瘟病等，尤其在高温天气，稻瘟病发展快，应立即喷药。而花生叶斑病害发展比较慢，刚发病时不要轻易喷药，更不能在发病前喷药，而是在发病后形成一定的发展趋势时开始喷药。气候条件有利于病害迅速发展时要立即着手喷药，有时为了控制病情不得不在下毛毛雨时候也喷药。喷药时期决定于病害发展规律外，还要考虑到作物的生育期，很多病害的发生都是与作物的某一生育阶段相联系。此外，还要注意作物各生育期对杀菌剂的耐受力，防止产生药害。植物病害的发生和发展往往要一段时间，喷洒杀菌剂也很难一次解决问题，往往需要喷洒多次。喷洒次数的多少主要决定于病菌再侵染情况，杀菌剂的残效期以及气候条件、光照、温度和降雨等。
种苗消毒。浸种要用乳浊液和溶液，不能用悬浮液，即可湿性粉剂不能用来浸种。浸种的关键是药液浓度和浸种时间，操作不当会造成灭菌效果差或造成药害。其它因素如温度、种子类型、病菌所在部位等也影响浸种效果。一般情况下，在种子类型、气温、药剂种类确定后，药剂浓度和浸种时间是可以协调的，浓度高可适当延长浸种时间。病菌所在部位较深或种皮坚硬可适当延长浸种时间，气温高可适当缩短浸种时间。拌种时要求种子和药粉都必须是干燥的，否则会造成拌种不均匀，产生药害，影响种子的发芽率。药粉用量一般占种子重量的0.2%~0.5%，拌种时药剂和种子都要分成3~4批加入，然后适当旋转拌种容器使之拌和均匀。内吸性杀菌剂出现以后，近年来又出现了一种新的拌种方法--湿拌法。即把药粉用少量的水弄湿，然后拌种，或把干的药粉拌在湿的种子上，使药粉粘在种子表面，待播种之后，药剂慢慢溶解并吸收到植物体内向上传导。
棉花枯萎病、黄瓜枯萎病等土传病害，除了可以用浸种或拌种法防治外，还可以采用土壤消毒法防治。土壤消毒首先要根据病害种类选择适当的杀菌剂，再根据药剂理化性质与土壤结构和性质选择适当的土壤处理方法。浇灌法适合于水溶性杀菌剂，将药剂调整到适当浓度以后，于每平方米地面上浇灌5~10千克左右的药液，土壤较干燥时可以采用较低浓度的药液，适当增加浇灌体积；土壤潮湿时可以采用高浓度小体积浇灌法。蒸气压较高的杀菌剂可以采用犁底或犁沟施药，即将药粉或药液均匀撒入第一犁的沟底，用第二犁翻上的土将药剂盖住，此法不适合过于粘重的土壤，还可以将药粉或药液施在土壤表面后，随即翻土将药剂埋入土壤中。
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