一、病害
（一）胡桃肉状菌又名假木耳，是鸡腿菇栽培中较易发生的一种病害。发病初期多在覆土层内产生浓密的白色棉絮状菌丝，继而在覆土的表层发生大小不等的类似于木耳形状的子实体，挖开发病部位培养料会散发出浓烈的漂白粉气味，培养料发黑。其防治方法为：1.严格挑选菌种。2.所覆的土必须是取自于地表20厘米以下的土层，并严格进行消毒。3.发病后用浓石灰水局部灌淋，并停止供水，待局部泥土发白后小心挖出，并将其运至较远的地方深埋。
（二）白色石膏霉白色石膏霉是由培养料偏酸而引发的一种病害，一般在下种10―15天内发生。该霉菌初期在覆盖表面形成大小不一的白斑块（状如石灰粉），老熟时斑块变为粉红色，并可见到黄色粉状孢子团，挖开培养基有浓重的恶臭味，大部分菌丝死亡、腐烂。其防治方法为：1.培养料发酵时添加5%的石灰粉，调节其PH值为8.5。2.局部发病时可用500倍的多菌灵或5%的石碳酸溶液喷洒。3.加强通风，降低畦面空气的湿度。
（三）鬼伞类竞争性杂菌鬼伞类杂菌的孢子一般是混在稻草等料中进入菇床的，5―10天床面便出现大量的鬼伞菌，与鸡腿菇争夺营养，其子实体腐解后流出墨汁样的孢子液。其防治方法为：1.选用新鲜、干燥的稻草作为培养料，并进行二次发酵，以杀灭鬼伞孢子。2.发现鬼伞菌应及时摘除并深埋。
二、虫害
（一）螨螨的种类较多，主要为害菌丝和子实体，虫口密度大时菌丝无法形成子实体。螨来源于稻草、禽畜粪便等，喜欢在阴暗潮湿的环境中生活，繁殖极快。其防治方法为：1.栽培场地在使用前要认真清理杂物，并使用敌敌畏喷洒一遍。2.培养料发酵温度达到55℃时，用2000倍液的克螨特喷洒料堆表面。3.菇场定期喷洒1000倍液的敌敌畏或2000倍液的卡死特。
（二）菇蝇菇蝇不但为害鸡菇子实体，而且还是传播杂菌的祸首。被为害的培养料呈糠状，有恶臭味，并可看见小虫爬行。其防治方法为：1.用0.1%的鱼藤精喷洒地面及四周。2.用1500倍液的除虫菊或3000倍液的2.5%氯氰菊酯喷杀。3.保持场地通风、清洁。
（三）跳甲虫该虫是由栽培环境过于潮湿、卫生条件差引起的，常群集在菌盖底部的菌膜及培养料中，被害子实体发红并流出黏液，失去商品价值。防治方法：1.改善栽培场地的卫生条件，以免过于潮湿。2.用0.1%的鱼藤精或除虫菊酯喷杀。
