新建的大棚，由于建棚时把上层“熟土”都挖到了后墙体上，所以棚地成了“生土”，有机质含量非常低，不利于蔬菜生长，急需补充土壤有机质。菜农可采取以下三种方法。
增施有机肥刊增施有机肥补充土壤有机质。菜农用的有机肥种类很多，如鸡粪、稻壳粪、豆粕等。这些有机肥养分含量全，有机质含量高，可以快速补充土壤有机质。但它们含氮量较高，因此在以后的追肥中要适当增加磷钾肥的施用比例。另外，菜农已比较注重鸡粪等的腐熟发酵。但对于豆饼豆粕等有机肥的腐熟较为忽略。菜农大多是在蔬菜刚坐果时大量使用豆饼豆粕等有机肥，且多将其撒施于操作行内直接翻压，忽略了腐熟这一步。在此提醒，有机肥虽好，但腐熟是决定其使用效果非常关键的一步，好肥一定要施好。
秸秆还田秸秆还田不失为补充土壤有机质的好方法，既经济又环保。安徽省农科院研究发现，如果大田每亩秸秆还田200公斤，可以减少约20%磷肥和钾肥的施用量。棚室进行秸秆还田还有着得天独厚的条件，拔园后的蔬菜秸秆经充分沤制可还田（终年种植同一种蔬菜的棚室除外）。但多数菜农认为上茬菜生长后期病菌较多，若将其施入棚内会增加下茬菜发病几率。其实秸秆经过充分腐熟，可以杀死其中的多数致病菌和虫卵，菜农可放心使用。棚室进行秸秆还田的方式很多，如把作物秸秆（如玉米秸秆、麦秸等）先铺在操作行，利于棚室保温降湿，等秸秆开始腐烂时再翻入地内。还可在种植行开深25厘米左右的沟，将作物秸秆直接铺在沟内，撒入可加快秸秆腐熟的生物菌剂，然后进行掩埋。这种秸秆还田方式不但肥田还可在深冬时提高地温，秸秆分解释放出的二氧化碳可促进光合作用的进行。
增施菌肥菌肥中有机质含量很高，所以增施菌肥不但增加了有益菌数量，也增加了有机质的量。增施生物菌肥，利于有机肥和秸秆还田的养分被蔬菜吸收利用。目前市面上的生物菌肥种类较多，质量参差不齐，请购买时一定要注意。
