甜瓜病虫害多，必须进行防治。如果防治不当就会造成污染，引发公害。为了避免食用甜瓜对人的伤害，在棚栽甜瓜的生产过程中，应该抓好如下主要防治技术环节。
1、坚持农业防治主要是指轮作换茬。凡有条件的地方，一要进行水旱轮作，可有效地抑制土传病虫害；二要定期进行换茬，可有效地防止连茬障碍；三要根据天气变化，进行冬灌冬凌，可显著地减轻病虫发生基数。
2、进行消毒处理消毒的方法主要有三种，一是在大棚的空间进行消毒，可采用硫磺烟剂或百菌清烟剂，667平方米200—250克，点燃密闭熏烟一昼夜，亦可用速克灵烟剂、腐霉利烟剂、杀瓜蚜烟剂等。二是药土消土。每百平方米的大棚用40%多菌灵或50%托布津800克，对水100-200升，掺细土500—600千克，拌匀后撒到地面，然后耙入土中。三是种子消毒，一可用55°C的温汤浸种，二可用40%甲醛加水稀释150倍浸种1个半到2个小时。
3、使用低毒农药一是根据不同病害分别选用50%多菌灵、70%百菌清、50%瑞毒霉、70%托布津、95%敌克松、50%速克灵、20%三唑酮等。二是根据不同虫害分别选用50%辟蚜雾、2.5%功夫、90%晶体敌百虫、20%杀虫双水剂、40%乐果乳剂、20%速灭丁等。杀菌剂一般稀释600—800倍。菊酯类杀虫剂稀释为 2000—3000倍。有机磷农药稀释为 1500—2000倍。三是提倡使用生物农药，如高效Bt、苏阿维、四季红、颗粒体病毒等。
4、安全施用农药一是杜绝禁用农药，如甲胺磷、氧化乐果、久效磷。常用的辛硫磷、西维因、克螨特也不宜采用。二是严格采前间隔期，一般采前10天左右停止用药。三是局部发生病虫，控制在局部点片上防治。四是一种病虫一般只施药一次，不要随意增加次数、增大浓度。
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