杂交晚稻对水分要求比较严格，不同生育期需水量不同。为保证杂交晚稻稳产高产，应针对不同生育期，实行科学的水分管理。
分蘖期实行浅水勤灌。分蘖期浅水勤灌，能使杂交晚稻植株基部透光良好，阳光可直接照射稻株基部，提高水温和土温，增加土壤中氧气，促使根系发育，提高吸肥能力，促进早发分蘖，提高分蘖成穗率。灌水深度，因天气制宜，一般为3厘米-5厘米，以阴雨天气稍浅，高温干旱天气稍深为宜。
足苗期及时排水搁田。分蘖后期，当杂交晚稻每亩总苗数达到20万-23万株时，应及时排水搁田，以控制无效分蘖，有利于主茎和大蘖优生快长，以达到穗多，穗大，籽粒饱满，千粒重高的目的。搁田应掌握天气特点，阴雨天气多，搁田困难，搁田时间可长一些，并要抓紧晴天早搁田，或争取间隙晴天搁田；干旱天气，水利条件较差或缺水的地方，可轻搁或免搁田。
幼穗分化期浅水常灌。幼穗分化期如果水分不足，会减少小穗数，造成颖花退化和穗粒数减少。若灌水过多、过深，又会使稻株茎部柔软，容易引起倒伏，一般保持水层6厘米-8厘米为宜；遇干旱天气，水层可以稍深些。多阴雨天气或地下水位高，或稻苗有贪青现象的田块，可采取湿润灌溉，保持干干湿湿。杂交晚稻幼穗分化期不耐低温，当遇到强冷空气来临时，要灌深水，保持一定的深水层，以稳定土温，避免低温影响幼穗发育。如遇台风洪涝，应及时排水，边排水边洗苗，洗去稻株茎叶上的污泥。
孕穗始穗期保持水层。孕穗始穗期应保持8厘米-10厘米的深水层，以调节土温，提高株间的空气湿度，促使在“秋分”前1天-2天齐穗。遇寒露来临时，应灌深水以保温。
灌浆乳熟期干湿交替。灌浆乳熟期是杂交晚稻籽粒充实的关键时期，若遇干旱缺水，会引起叶片早衰，光合作用效率下降，影响籽粒饱满。如果保持深水层，土壤中氧气减少，影响后期根系活力，也会引起叶片早衰，致使灌浆不良。因此，在灌浆乳熟期要保持土壤湿润为宜，应采取“跑马水”的办法，做到灌水不积水，断水不缺水，干湿交替，以温为主，以利籽粒饱满。在黄熟期以后，需水量大大减少，此期切忌田间积水，以促进成熟，方便收割。
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