大豆种子贮藏时，应注意“四不宜”：一是种温高时不宜入库；二是阴雨潮湿天气不宜入库；三是种子不宜堆放过高；四是不宜与化肥或农药同贮。贮期管理做好“两个及时”：一是及时进行通风散湿；二是及时进行低温密封。
大豆种子由于含有较高的油分，导热性不良，在高温情况下容易引起红变，所以应采取低温密闭的贮藏方法。一般可趁寒冬季节，将大豆转仓或出仓冷冻，使种温充分下降后，再进仓密闭贮藏。可利用经过清洁、消毒处理后的草垫或麻袋压盖，压盖要平整、严密、坚实。种子低温密闭贮藏后除定期检查外，要尽量减少开关次数。
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