采用农业防治与储藏期管理相结合的防腐技术，可以使甘薯储藏3～5个月的腐烂率由传统方法的50％下降为10％。
综合防治病害甘薯病害主要有黑斑病、根腐病、茎线虫病、软腐病等，需采取综合措施防治。（1）选用无病种薯。（2）重病田可与花生、玉米、水稻轮作。（3）培育壮苗，适当早栽，增施磷肥和腐熟有机肥，提高植株抗病能力。（4）适时收获。一般气温下降至15℃时开始收获，气温下降至12℃时入窖结束。气温降至9℃时薯块会受冷害，储藏期间易感病。选晴天上午收获，在田间晾晒2～3小时，下午入窖。要求轻刨、轻装、轻运、轻放，减少损伤。
严格对薯窖消毒收获前半个月选择地势高、土质硬、地下水位低的地方建窖，窖深4.5～5米，窖膛土层厚2.5～3米。最好用新窖，如用旧窖，需将窖壁及窖底土层刮去3～4厘米，露出新土，并在窖底撒一层细沙，然后用硫磺熏蒸1～2天，通常每立方米用硫磺50克。
加强储藏期管理入窖薯块宜为纺锤形或卵圆形的短薯块，薯块重200～800克，要求无病虫、无裂缝、无伤口、无露头青、无冻害、无水浸。为防止储藏期发生黑斑病、软腐病等病害，可用70％甲基硫菌灵可湿性粉剂或50％多菌灵胶悬剂800倍液泼浇薯块消毒。分类入窖，将薯块装入尼龙绳网袋层层码放。如散放入窖，薯堆四周应距离窖壁20厘米以上。薯堆底层铺一层秸秆，中间也放置秸秆，以利于散湿通气。鲜薯储藏量占整个薯窖的70％为宜。
