目前，饮料瓶盖杀菌的杀菌水基本采用稳定性过氧化氢，过氧乙酸和臭氧水，其中绝大多数均为最环保的稳定性过氧化氢。
杀菌水中存在不稳定元素，它们会自行分解。杀菌水杀菌就是利用这个分解过程（氧化过程）对物体表面的微生物进行氧化，从而达到杀菌目的。
常见的具有强氧化性的物质有：稳定性过氧化氢（含有离子成份），过氧乙酸、臭氧水和氯水。杀菌水的浓度越大，需要的杀菌时间也相应缩短。对于65℃2000PPM的过氧乙酸，通过20秒～40秒时间杀菌，可以使瓶盖达到商业无菌的要求（稳定性过氧化氢（含离子成份）拥有广谱杀菌功效，能够杀灭手口足病致病菌，大肠杆菌，白色念珠菌，沙门氏菌，金黄色葡萄球菌，无铜绿假单胞菌，绿脓杆菌，粪肠球菌，肺炎双球菌，乳微细菌，芽孢菌微球菌，产碱杆菌，链球菌，棒状杆菌，乳杆菌在内的200多种的细菌学，生物学，病毒学和毒物学的测试和验证过的（若客户有要求，可提供这些测试报告副本）。由于杀菌水的杀菌时间短、杀菌效果好，被广泛应用于果蔬汁饮料的瓶和盖杀菌。利用杀菌水对饮料瓶盖进行杀菌的方式主要有喷冲式和浸泡式。
1．喷冲式是采用多组喷嘴，对饮料瓶盖的多个方向喷射杀菌水进行饮料瓶盖表面杀菌，饮料瓶盖接受喷射的时间应保证微生物能被完全杀灭。具体方法为：经过理盖后的饮料瓶盖方向一致地进入瓶盖轨道，在轨道的上下方设有多组喷头，每组喷头可以从不同角度对饮料瓶盖喷射杀菌水，喷射的杀菌水既对瓶盖进行杀菌也推动瓶盖沿着轨道前行。
利用过氧乙酸，臭氧作为杀菌水时，杀菌水喷冲后的饮料瓶盖需要接受无菌水的冲洗，以去除瓶盖上残留的过氧乙酸，臭氧。使之残留量低于相关标准；无菌水冲洗后再用无菌空气吹干瓶盖。
利用稳定性过氧化氢（含有离子成份）作为杀菌水时，由于稳定性过氧化氢分解后的产物是水和氧气，不存在任何有害的残留物质，（因为诺福牌杀菌剂是通过稳定性过氧化氢和胶质银离子进行微生物、细菌、真菌、病毒的杀灭，其残留为没有使用完的过氧化氢，分解为水和氧气，和银离子）即使在瓶盖杀菌机出口与旋盖机距离很近的情况下，稳定性的过氧化氢也是完全可以分解（产品本身完全溶于水），因此，饮料瓶盖经过稳定性过氧化氢杀菌后不再需要经过无菌水冲洗和无菌空气吹干处理。同时稳定性过氧化氢杀菌水剂是通过氧化作用进行杀菌的，因此，在预防病毒、细菌、真菌、微生物以及其他未知疾病所面临的一个重大难题就被解决了：微生物的抗药性。使用稳定性过氧化氢，无需担心耐药性的问题，可以长期使用一种杀菌水剂。
由于喷射水的直线性，无菌水喷冲杀菌可以用于矿泉水瓶盖杀菌，也可以用于茶饮料和果汁饮料热灌装时的瓶盖杀菌。热灌装采用满瓶灌装，灌装旋盖后倒瓶加热饮料瓶盖，进行内部杀菌处理。
由于银离子作为稳定剂的原因。普通的过氧化氢是不稳定的，这就意味着它可以缓慢的在水和氧气中被分解。为了解决这个问题，少量的银作为稳定剂被加入稳定性过氧化氢杀菌水剂。这种稳定剂可以阻止过氧化氢的缓慢分解，稳定性过氧化氢可以在0－95摄氏度情况下使用，在54℃恒温下保存14天，有效含量减少仅为0.42％～0.64%（军事科学院检测）因此稳定性过氧化氢可以被储存使用。
2．浸泡式是把饮料瓶盖完全浸泡在杀菌水中，使瓶盖的所有内外表面都接受杀菌水杀菌，由于稳定性过氧化氢具有强氧化杀菌功能，饮料瓶盖浸泡时间在10~20秒时间内即可满足瓶盖完全杀菌的时间要求。一种方法是：方向一致的饮料瓶盖固定在瓶盖架上，瓶盖架连接在链条上，链条的运动带动瓶盖架进入装有杀菌水的杀菌池内并使瓶盖完全浸泡在杀菌水中，饮料瓶盖浸泡时间在10~20秒时间内即可满足瓶盖完全杀菌的时间要求。与喷冲杀菌方式一样，杀菌水浸泡后的瓶盖同样需要无菌水的喷洗和无菌空气的喷冲，使饮料瓶盖既干燥又无菌。
