1．生理病害麝香百合种植过程中的生理病害重要有盲花和花裂等。其出现起因和避免对策如下。
(1)盲花受害的花芽正常发育受阻，花蕾凋谢而枯萎。多数状况是由于密植及室内的光芒不足，或日照时数短等 因素。特别是5摄氏度以下的低温、气温急剧降低、昼夜温差大以及土壤过干或过温。要避免盲花征象的出现，就要设法防止上述状况的发生。
(2)花裂重要体现为花瓣分离开裂，多出现在气温骤变、干湿悬殊的时候。避免裂花就要尽量防止气温的急升急降，并小心浇水适期适量。
2．软腐病重要为害叶、花、鳞茎，花瓣发病则出现椭圆形病斑；叶子发病则出现椭圆形、淡黄色、周围黑褐色稍下凹的病斑；遇到雨天则茎叶上发生黑色小粒点，最后叶所有落下，酿成植株死亡。防治和治疗措施：发现少量植株发病立刻剪除或拔除，并将其烧毁或深埋，其它堤防通风透光，加强植株抗病力。
3．靡烂病、叶斑病由病菌侵入鳞茎叶子导致。防治和治疗对策：如发病应每10-15天喷1次50％脱菌特600-1000倍液或40％灭菌丹500倍液。预防的重要办法是栽培麝香百合的地块不连座。
4．刺足根螨成螨乳白色，洋梨形。此螨在地下为害球根，一般先为害鳞茎的蒂部，逐渐扩大向上，被害位置变黑腐烂，严重时酿成整林死亡。防治和治疗力法：鳞茎贮藏时堤防通风和干燥，对受害的鳞茎，收获后、贮藏前用40％三氯杀螨醇1000倍液浸泡2分钟，可起到防治和治疗作用。
5．蛴螬常将麝香百合的根部咬断，酿成植物萎蔫以致死亡。防治和治疗办法：可用黑光灯诱杀成虫，也可在花卉根部灌50％辛硫磷乳剂1000倍液，将其杀死。
