柠檬果实贮藏期间的真菌病害主要有：黑腐病，酸腐病，蒂腐病，青、绿霉病，炭疽病。以上病害的防治方法：除作好采后处理，可用药物防治。
①噻苯咪唑(特克多、TBZ)和苯来特(苯菌灵)：是最有效的采后杀菌剂，可有效地控制蒂腐病和青、绿霉病，对炭疽病有一定效果，但对酸腐病和黑腐病无效。这两种杀菌剂均微溶于水，常配成蜡-水混合液或水的悬浊液使用，处理时须不断摇动悬浊液，以保证药液均匀一致。使用浓度分别为：噻苯咪唑1?000mg/L，苯来特600mg/L，采后浸果3-5分钟。
②邻苯基酚钠(SOPP)：可控制蒂腐病和青、绿霉病，对酸腐病也有一定的效果，尤其用于橙类更为有效。使用pH值为11.5-12.0的2％邻苯基酚钠水溶液药效最高，故常用的配方是：2％邻苯基酚钠+0.2％NaOH+1％六胺，也可用1％邻苯基酚钠蜡水溶液。
③仲丁胺：可控制青、绿霉病，对蒂腐病的效力较低，对酸腐病和炭疽病无效。仲丁胺为液体，沸点63℃，可作为库房熏蒸剂(25-200mg／L，V／V，42h)，也可配成1％-2％水溶液作浸果处理。
④联苯：可控制蒂腐病和青、绿霉病，对酸腐病无效。是一种蒸气态杀菌剂。常用的方法是：将可渗性包果纸按2.35g：1张(27.9cm×43.2cm)的比例用联苯浸渍，制成联苯包果纸。也可把联苯溶于石蜡油(或矿物油)里制成联苯-石蜡混合液，涂在纸片上制成联苯衬垫。
在国内，目前生产上常用的防腐剂还有托布津(1000-2000mg／L)、多菌灵(800-1000mg／L)、抑霉唑(500mg/L)、碳酸氢钠(2％)等。
