落花落果是青（辣）椒杂交制种中影响产量的一个重要原因，一般落花率在15～45%，落果率在5～15%。
一、引起落花落果的原因
1、生理上的原因
（1）营养生长和生殖生长争夺养分，尤其在枝叶徒长的条件下，营养生长和生殖生长失去平衡而导致落花落果。
（2）开花结果的植株消耗大量养分，特别是盛花期，开花数目增加，养分消耗过多，致使花朵养分供应不足。对于杂交制种，人工去雄授粉数目过多，杂交果之间产生养分竞争，也会造成落花落果。
（3）子房没有受精造成落花落果。在杂交制种过程中，去雄时磁上柱头等都会使子房不能正常受精而致花果脱落。
2、不良的外界环境条件
（1）气温过高或过低使青（辣）椒的花朵发育不良而脱落。青（辣）椒虽然能耐较高及较低的温度，但花粉萌发最适宜的温度为20～26℃，最适宜的土壤温度为17～22℃，高于或低于这一温度指标都会影响花粉萌发或植株生理活性而引起落花落果。另外，高温常伴着强光，使植株在强光下引起光呼吸甚至受到灼伤，使盛夏季节落花落果严重。
（2）低温多雨或大水漫灌造成土壤渍水或高温干旱造成落花落果。土壤渍水，导致根系缺乏氧气而生长发育受阻，时间过长会使根系腐烂，根系的吸水吸肥能力减弱。土壤过于干旱，加之地上部高温蒸发量增大，影响植株对肥水的吸收和运转，造成植株生理失.调而落花落果。
（3）施肥不当或肥料不足造成落花落果。青（辣）椒对氮、磷、钾的需要比例为1∶0.5∶1，单一地过多施用氮肥，会导致植株徒长，甚至会诱发多种病害。肥料不足，不仅植株瘦弱矮小，还会降低对开花坐果的养分供应。所以施肥不当或肥料不足都会使落花落果严重。
3、病虫害的影响青（辣）椒常见的病害有炭疽病、病毒病、疫病、日烧病等，常见的虫害有蚜虫、红蜘蛛、阔体螨（白蜘蛛）、棉铃虫、烟青虫等，它们有的直接侵害或危害花果，使之脱落，有的侵害或危害植株的根茎叶等营养器官，使植株生理活性降低或造成植株死亡，间接引起落花落果。
二、落花落果的防止措施
1、加强管理，培育壮苗壮苗是开花结果的基础，同时壮苗有较强的抗逆性，因此防止落花落果应从苗期开始，加强苗床管理，达到秧苗壮而不旺。
2、加强肥水管理
（1）坚持合理施肥，在精细整地、施足基肥的基础上及时追肥，追肥应以人粪尿为主，如果追施氮素化肥，则要搭配施用磷钾肥，在去雄授粉之前还可以叶面喷施硼肥、钙肥等。追肥次数要根据长势灵活掌握，一般在授粉前的一段时间，如果不严重缺肥不必施肥，以免因植株长而引起落花落果。
（2）青椒制种最好采用塑料大棚加地膜覆盖的方式，即便于人为控制水分，又减少雨水冲刷也减少病害传播。一般从定植到采收需灌水2～4次，灌水应以小水勤灌的原则，切忌大水漫灌，不要晴天中午灌水。制种田要修好排水沟，防止雨水进入垄沟。一旦发生土壤渍水，应及时清沟沥水，做到雨停水干。
3、合理配置父母本比例合理安排去雄授粉时间，严格去雄授粉操作规程，保证人工授粉成功完成。要定植足够的父本，以保障授粉期间尤其是前期的花粉供应，一般父母本比例应在1∶4以上。要合理安排播种定植时间，使青辣椒在当地最适宜授粉的温度时间开花，在一天内要选择温度在20～25℃时进行人工授粉，雨天或有露水时不要人工授粉，提高授粉质量。
4、选择最适花蕾层授粉及时进行植株清理，在授粉清理前及时给植株整枝，去除内膛细弱枝，开始去雄的第1天应先将母本株上的门椒，对椒上的花和果以及少部分四面斗上的花果去除，选择四面斗以上的大蕾进行去雄授粉。提高坐果率。授粉结束后，要讲没有杂交的花、花蕾去除，保证杂交果有充足的养分供应。
5、及时防治病虫害病虫害以农业防治为主，化学防治为辅的原则。炭疽病主要采用波尔多液或福美锌防治；疫病采用乙磷铝或杀毒矾控制；病毒病主要靠蚜虫传播，应及时防治蚜虫；日烧病一般不需用药；对于虫害，要选择效果好又无残毒的农药进行防治。
