在果菜类蔬菜中，青椒比较耐贮藏。但不同品种、不同采收时期和贮藏环境对贮藏效果影响极大。如方法得当，青椒的贮藏期可达2-3个月。
一、 品种
青椒品种间耐贮性差异较大，果皮厚、褶皱少、色浓绿的晚熟品种较耐贮藏，如麻辣三道筋油椒、世界冠军、茄门、巴豢、MN-1号、三道筋油椒等；二猪嘴、太原811、吉林四方头、辽椒一号、12-2、7604等次之。
二、 采收
采收时应选择颜色深绿、果实充分膨大、果肉厚而坚硬、果皮光亮的果实。幼嫩的果实贮藏期间容易失水萎蔫，而半红果及红果在贮藏中又容易变软，因此都不耐贮藏。露地秋果应在早霜前1周采收，经霜的果实不耐贮藏。利用塑料大棚可使青椒延迟到11月中旬收获，这种果实可贮藏到春节。果实采收时应带果梗采摘，防止果实受伤。采前一两天遇雨或灌水也会降低果实耐贮性。一天当中，在早、晚无露水又凉爽时采收为宜。采后切忌在田间暴晒。
三、 青椒贮藏条件
青椒的贮藏适温因产地、品种及采收季节不同而异。青椒的最佳贮藏温度在9-11℃，高于12℃果实后熟衰老加快。低于9℃会发生冷害，果面呈现凹陷斑点或水浸状斑点，萼片和种子褐变，果实长霉腐烂。由于青椒内部是空腔，果实很容易失水皱缩、变软。因此防止失水十分重要，适宜相对湿度为90%-95%。青椒在贮运过程中要加包装或覆盖，不可长期裸露。气调贮藏可以延缓青椒后熟变软，较为适宜的气体成分为2-8%的氧和1-2%的二氧化碳。
四、 贮藏方法
夏季采收的青椒以机械冷藏库贮藏为宜，因气温太高，其它场所不易创造适宜的低温。秋季采收的青椒因气温降低，可采用沟藏或窖藏（土棚窖、通风贮藏库、机械冷藏库等）。贮前青椒应先预冷，然后按质量要求挑选果实入贮。采用简易贮藏方式贮藏时，应运至阴凉处预冷，使果温快速降低。秋季或大棚中晚秋采收的耐贮品种，可贮藏2个月以上。夏天果实耐贮性差，因采收正值高温多雨季节，田间带病较多，易引起果实腐烂变质，只能贮1个月左右。下面简单介绍几种常用的贮藏方法。
1、 沟藏
青椒直接放入沟内，厚度为0.33-0.5米，或在沟底铺一层略湿的沙子，将青椒果柄朝上码于沟内，码一层椒，撒一层略湿的沙子，上面覆盖一层稻壳或砂，沟顶上盖草帘等保温防寒物。也可将青椒先装入筐内，再放进沟内贮藏。约10-15天检查一次，秋果能贮2个月以上。前期注意防热，白天气温高时盖上草帘遮荫，夜间打开以降低温度。气温转低时，注意增加覆盖层厚度，也要适当放风检查。沟顶需做防雨、雪等设施，以免雨、雪进入沟内造成腐烂。
2、 窖藏
（1） 筐装衬湿蒲包洗净，用0.1%-0.5%的漂白粉液消毒，沥去水分成半湿状态，放在干净的筐内，将青椒装八成满，将筐堆码成垛，垛的表面也用湿蒲包片覆盖。白天气温高时，通风库不能通风，只揭开垛面的蒲包片，夜间外界气温低，通风后重新盖好蒲包片。每10天左右检查一次。如湿度不够，可更换湿蒲包，换下的蒲包洗净消毒后可再用。如过湿，可加大通风。
（2） 筐内衬牛皮纸。青椒装满八成后，筐顶也覆一层牛皮纸，堆垛成垛，每10天左右检查一次。
（3） 单果包装、装箱或装筐贮藏。用包果纸或0.015mm厚的聚乙烯塑料薄膜单果包装，能延迟青椒萎蔫，保持鲜度。窖内应适当通风，以免包装容器内部凝水，导致微生物浸染加重腐烂。
3、 气调贮藏
目前使用较多的0.06毫米厚聚乙烯小包装和0.1-0.2毫米厚的大帐两种简易气调贮藏方式。贮藏前要严格挑选无病无伤的果实，因为在气调密闭高湿环境下，果实容易腐烂，同时要结合使用药物防腐，可用0.05-0.10ml/1仲丁胺熏蒸剂。气调应在9-11℃温度范围内进行，由于青椒对二氧化碳比较敏感，二氧化碳过高时会降低果实的抗病性，塑料帐内可加入消石灰吸收过多的二氧化碳。注意调节袋内气体成分的变化。
