在种植业生产中，人们通过施肥来提高作物产量，改善产品品质，增加经济效益，维持和提高土壤肥力。众多肥料中，有机肥料是生产绿色食品的理想肥料已经成为人们的共识。
1.有机肥料对提高食品质量有重要作用
首先是提高土壤肥力。土壤肥力指标是绿色食品生产中土壤环境质量标准的重要组成部分。施用有机肥料是保持和提高土壤肥力的主要途径。有机肥料能够使土壤疏松、肥沃，促进植物的旺盛生长和健壮，抗旱、抗寒、抗倒伏和抗病虫害等抗逆能力增加，达到优质和高产。
其次是能减轻土壤污染。土壤有机质能与重金属元素产生中和或螯合作用，吸附有机污染物，从而减轻对植物食品的危害。
再次是营养作用。有机氮、磷、氨基酸、核酸能明显增加食品的蛋白质、糖、维生素以及芳香物质的含量，增加鲜嫩食品的干物质比重，从而使食品品质、风味、耐贮藏性提高，色泽、外观等明显改善。这种特殊作用是化肥所不能替代的。
应该指出的是，在我国现代高产优质农业中，每年每公顷施用有机肥75000公斤(1亩5000公斤)以上才能满足作物的需求，且对改善品质的作用明显。只有实行有机肥与化肥配合施用，才能取得优质高产的效果。土壤增施有机肥料的途径有，积造农家肥、种植绿肥、秸秆还田。
2.有机肥料需进行无害化处理
施用未经无害化处理的有机肥料可能给食品带来的污染会比化肥更严重、更难预防。化学污染是生活垃圾中有害物质含量超标的重要因素。主要有来源于电池、电器、油漆、颜料添加剂中的有机污染物，城市垃圾、人畜粪便等有机废弃物含有大量的病原体，这些病毒在土壤中存活时间较长。据调查，花菜、黄瓜、扁豆及茄果蔬菜受大肠杆菌污染较重，马铃薯、藕、笋、萝卜、葱、白菜受寄生虫卵污染较重。
绿色食品生产应把住有机肥无害化这一关。首先，要把住有机肥源头，对可能受污染的，尤其是化学污染较重的有机肥禁止使用，经检验合格后再用。其次，要实行高温堆肥处理，温度在50℃―55℃处理18天，大肠菌值降到10-1，蛔虫卵死亡率达到100%，各种蝇蛆、蛹、成虫的死亡率100%，能够达到有机肥无害化的标准。绿色食品生产应禁止“生粪下地”。
开发和应用商品有机肥是有机肥料发展的一个新领域，适应市场经济需求，在产品质量上具有可靠性，可作为绿色食品生产的主要肥料之一。
目前，商品有机肥主要有三大类：①城市垃圾堆肥，主要分布于大城市，以解决城市垃圾污染为目的，实现垃圾肥料商品化，取得较好的综合效益。②活性有机肥料，以畜禽粪和农副产品加工下脚料为主要原料，经加入发酵微生物进行发酵脱水和无害化处理而成，是优质有机肥料。③腐殖酸、氨基酸类特种有机肥料，富含有机营养成分和植物生长调节剂，可制成液体肥料用于叶面喷施。
