合理施用化肥，可以培肥地力和提高食品品质。化肥能够补充土壤养分，平衡作物营养，从而促进作物生长，提高农产品品质。农作物从化肥中吸取的养分与从有机肥中吸取的同种养分元素作用是完全一样的。每当谈到食品品质下降就归罪于化肥的使用，这实际上是一种误解。
在影响食品品质方面，化肥与农药有本质的区别。化学合成的农药一般不同于天然产品，是自然环境中不存在的有机物，有些成分能在人体和动物体内积累，有些成分可能致癌，有些成分长期残留于土壤，参与生态循环，负面影响较大。化肥与农药不同。化肥的成分在自然土壤中都存在，施用化肥是为了补充植物必需而土壤又供应不足的营养。当今年的主要化肥品种，一些本身来自于天然矿物的转化，如磷肥、钾肥，氮肥是合成氨及其加工产品。事实上，有机肥中的有机物一般不能为作物所直接吸收，而要分解成如同化肥中所含的一样成分后，才能发挥其营养作用。化肥与食品品质的关系比较密切，可以归纳为化肥施用得当则有益，施用不当则有害。磷肥和钾肥对农产品品质改善有明显的促进作用。以蔬菜施钾为例，钾可以降低蔬菜中硝酸盐含量，提高蔬菜整齐度，增强抗病性，改善品质。施钾可以提高西瓜糖度，降低酸度，提高耐藏性。钾素促进氨基酸转移到籽粒，有利于籽粒中蛋白质的合成。氮肥施用得当，同样能够提高品质。
在生产实践中，化肥施用存在的主要问题是养分比例失调，氮肥用量过大，钾肥及微量元素不足。通透性变差，养分流失，污染环境，造成水体中硝态氮和亚硝态氮增加，而且硝酸盐在农产品中富集，危害人类健康。
