现有生物肥都以有机质为基础，然后配以菌剂和无机肥混合而成。为广泛改善这种一般性和传统性的状况，生物肥料产品则远远超越了现有概念。其将扩大至既能提供作物营养，又能改良土壤；同时还应对土壤进行消毒，即利用生物（主要是微生物）分解和消除土壤中的农药（杀虫剂和杀菌剂）、除莠剂以及石油化工等产品的污染物，并同时对土壤起到修复作用。
从狭义上讲，所谓的生物肥料就是指微生物肥料，但是在国外许多国家将其称为接种剂（Inoculant），日本将其称为微生物材料。中国科学院院士，我国土壤微生物学奠基人，华中农业大学陈华癸教授就微生物肥料的含义问题指出，所谓微生物肥料，“是指一类含有微生物的特定制品，应用于农业生产中，能够获得特定的肥料效应，在这种效应的产生中，制品中活微生物起关键作用，符合上述定义的制品均应归入微生物肥料。”按目前微生物肥料的制品和种类来分析，可以分为两类：
（1）通过其中所含微生物的生命活动，增加了植物元素营养的供应量，包括土壤和生产环境中植物营养元素的供应总量和植物营养元素的有效供应量，导致植物营养状况的改善，进而产量增加，这一类微生物肥料的代表品种是根瘤菌肥料。
（2）其制品虽然也是通过其中所含的微生物生命活动的关键作用导致作物增产，但是其中微生物生命活动的关键作用不限于提高植物的元素营养供应水平，包括了它们所产生的植物生长刺激素对植物的刺激作用，促进植物对营养元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，减轻作物病虫害而导致产量增加。这类微生物的种类和制品比较多，也比较复杂。但随着研究的深入发展，此类微生物及其制品将会有比较合理、比较科学的归属、分类。
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