棉花不育系制种技术是利用昆虫辅助传粉不育系杂交制种法，克服了目前广泛应用的棉花杂交种子生产方式——人工去雄授粉杂交制种法存在的费时费工、工作强度大、制种田管理复杂、种子生产成本高等缺点，劳工用量可较之减少50％以上，而且可以进一步提高杂交种子的纯度，是生产棉花杂交种子最为理想的途径。
棉花不育系制种技术是培育出带有隐性低酚标记性状的转基因抗虫核双隐性不育系而进行昆虫辅助传粉制种，以解决目前棉花杂交制种技术的费时费工，工作强度大，而且导致假杂种多等一系列问题。
该技术利用昆虫辅助传粉不育系杂交制种法，克服了现在广泛应用的棉花杂交种子生产方式———人工去雄授粉杂交制种法存在的费时费工、工作强度大、制种田管理复杂、种子生产成本高等缺点，劳工用量可较之减少50％以上，而且可以进一步提高杂交种子的纯度，是生产棉花杂交种子最为理想的途径。
简要技术
该技术以转基因抗虫核双隐性不育系中抗A为基础材料，培育出带有低酚标记性状的转基因抗虫核双隐性不育系进行昆虫辅助传粉育种，不仅简化了制种程序、减少了育种工作量，同时在苗床上或切割种仁目测色素腺体的有无即可区别真假杂种，有色素腺体的则为真杂交种，否则为假杂交种，从而避免了经济损失，可用于大规模生产杂交种子。
经过有性杂交，把隐性无腺体基因转入到中抗A之中，在其后代育性分离群体中，作株对株杂交(不育×可育)，分收分种，调查其后代育性分离比例和腺体的有无，并结合农艺性状观察，经多年多次定向选择，最终筛选出抗虫、低酚、不育株率稳定表现为50％的不育系材料，具体如下：
1.隐性低酚半保持系的转育。利用隐性低酚抗虫棉品系作父本和中抗A为母本进行杂交，F1拿到海南岛加代，从F2代中选取低酚可育株当父本，与分离的不育株作株对株的杂交，按株分收，第二年种植，调查育性，保留不育株率为50％的株行。
2.低酚双隐性核雄性不育系纯化。对不育株率为50％的株行进行腺体观测，选取低酚的可育株和低酚的不育株进行株对株杂交，按株分收杂交种和测交种。利用海南岛冬季加代，一年两季，经过连续3年的株对株杂交和测交，选育出性状稳定的抗虫低酚双隐性核雄性不育系，该不育系综合农艺性状优良，高抗棉铃虫，植株塔形、叶片适中、结铃性强、铃壳薄、吐絮畅，不育度100％，不育性稳定、彻底。
应用前景
1.和现有的人工去雄授粉杂交制种法相比，本发明可以大大减少制种田间的劳动强度，减少工作量，提高制种工效，从而大幅度地降低制种成本。
2.以本发明的不育系为母本，很容易区别真假杂交种，而且在苗床上即可轻易拔除，可以大面积、大规模的借助昆虫辅助传粉不育系田间制种。
3.本发明不育系恢复源广泛，一般陆地棉品种（系）均可作为其恢复系，杂种优势明显，竞争优势为115%—136%，且抗虫效果好。
