黑斑病和锈斑病是金针菇栽培常见的两种病害。既影响产量，又影响品质。其防治方法是：
1.黑斑病发病后金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径达2毫米～4毫米，边缘整齐。该病以危害菌盖为主，偶尔也侵害菌柄。患病的菌盖再传播到相邻的籽实体，严重时整个菌盖变成黑色，有轻微的臭味。菌盖颜色变黑影响商品性，发病重时金针菇失去食用价值。
防治方法防治金针菇黑斑病最重要的是控制适宜的温、湿度，菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇籽实体上，特别不可用冷水喷洒，否则会使菌盖吸水过多，诱发黑斑病的发生。菇房内空气相对湿度不宜长时间超过90%，要看天气变化洒水，晴天洒水掌握轻、勤、细，阴雨天少洒或不洒。每次洒水后要加强通风，然后再覆盖地膜。出菇期间室内气温应调至17℃以下。发病后要及时将病菇摘除，并喷洒每毫升含100个单位～200个单位浓度的农用链霉素，或漂白粉600倍液。
2.锈斑病主要侵染金针菇菌盖。初期为针头状，后扩大成芝麻粒大小，连缘不整齐，病斑之间又能联合成不规则的大锈斑。该病的病原菌在自然界分布广，存在于培养料及漂浮的空气中，在高温高湿、通风不良等条件下锈斑病易发生，先感染培养料，然后传播到菌盖造成斑点。
防治方法为预防锈斑病，菇房洒水时不要直接洒向籽实体，防止料面出现积水。洒水后要及时通风，室内空气相对湿度不要长时间超过95%，菌袋表面覆盖塑料薄膜要待籽实体水分蒸发后再盖。发病初期，防止病菌向健康籽实体蔓延，用50%多菌灵800倍液或每毫升含100个单位～200个单位浓度的农用链霉素喷洒防治。
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