棉花种子处理是预防苗期病害，防止出现高脚苗，实现棉花“一播全苗”的关键技术之一。由于现有种子加工技术只能实现硫酸脱绒及精选处理，而包衣技术跟不上，农民自己进行种子处理时常由于操作技术不当（如药剂种类及用量）而发生药害，影响出苗或达不到种子处理预期效果，因而掌握种子处理技术显得十分重要。在种子处理过程中，应注意以下问题。
做好种子处理前的准备工作 种子经过脱绒处理后，要精选晒种。精选主要是剔除病籽、瘪籽、破籽、小籽。晒可加速种子后熟，晴天晒种2天～3天。不可在水泥地上暴晒，以防伤及种子的生理活性。
药剂种类的选择 用敌克松预防苗期病害，慎用多菌灵。卫福成本较高，不提倡使用。一般地膜栽培降雨少或条播，可用敌克松、多菌灵；在点播、雨水多的情况下，用敌克松或卫福，如无敌克松或卫福，多菌灵应减少用量，甚至可以不用。预防苗期虫害可拌3911。预防高脚苗，宜用缩节胺。
剂量 敌克松用量为种子用量的0．3％，多菌灵为2．5％，卫福为0．2％。3911的用量不可随意加大，否则易产生药害，一般为种子用量的0．5％为宜。缩节胺的用量应考虑品种。苗期生长稳健的品种，缩节胺用量应少；而苗期长势旺、易形成高脚苗的品种，缩节胺用量可适当加大；苗期生长稳健且对缩节胺敏感的品种可不拌。缩节胺一般用量不超过种子用量的0．04％。
拌种方法拌种时，一般先拌杀菌剂、缩节胺，再拌杀虫剂。分几次拌种操作比较麻烦，按如下办法操作，可取得较好效果。按上述用量，按比例100公斤种子需500克3911，300克敌克松，20克～40克缩节胺的用量称好。缩节胺先用少量水化开，喷雾器先加入5公斤水，再加入3911及溶解好的缩节胺混溶，边喷雾、边翻堆。第一次喷一半的药液，稍晾后，喷洒剩余药液。喷洒均匀后，将敌克松粉剂在种子潮湿时拌匀，闷种24小时后，摊开晾干。禁止在烈日下暴晒，否则敌克松见光分解，影响药效。晾干后，装袋以备播种。
